En 1998, le Groupe sur la Phylogénie des Angiospermes (APG) publie une étude phylogénétique des plantes à fleurs en comparant des séquences de l'ADN chloroplastique. Ces taxonomistes moléculaires ne retiennent que les groupes strictement monophylétiques (c'est-à-dire descendant tous d'un ancêtre commun). Autant que possible, ils ont tenu à conserver les noms des ordres et des familles bien connus. Des études portant sur des gènes avec des fonctions différentes, la petite sous-unité de l'ARN ribosomique, le 18S, et les espaceurs internes transcrits, les ITS, ont abouti aux mêmes conclusions. Plus important encore, la classification moléculaire est basée sur des séquences consultables sur Internet (GenBank), accessibles à tous les chercheurs. L'ancêtre vivant des plantes à fleurs (‘the abominable mystery' de Darwin) est un arbuste de Nouvelle-Calédonie, Amborella. Les Welwitchia et Gnetum sont proches des Conifères et pas des Angiospermes. Les Monocots ont dérivé de plantes de type Magnolia. Les Dicots vraies comprennent les plantes dont les grains de pollen comportent trois pores. Les Dicots regroupent deux vastes ensembles naturels, les rosidées et des astéridées, et à leur base on trouve les Saxifragales et les Ranunculales. Quelquefois, les phénomènes de convergence et de simplification par retour vers un caractère primitif confèrent, à des espèces apparentées, une multiplicité d'apparences, totalement déroutante. Les études moléculaires ne sont pas une fin en soi, mais la première étape pour comprendre les processus de diversification des espèces végétales. Des phénomènes d'hybridation - on parle aussi d'introgression - peuvent survenir et avoir des implications évolutives très significatives. Les études de ces dix dernières années ont montré que l'hybridation et l'introgression, plus répandues dans le monde végétal que ce que l'on imaginait, peuvent conduire à la diversification rapide des espèces. La connaissance des relations phylogénétiques entre les espèces permettra de surveiller les risques de dissémination des transgènes.
Mot(s) clés libre(s) : botanique, classification phylogénétique, coévolution, diversité végétale, évolution, gène, hybridation, phylogénie, plante à fleur, taxonomie moléculaire, transgène

A l'occasion de l'année mondiale de la Biodiversité en 2010, le CNRS Images en collaboration avec le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN) a produit une série de 10 films courts autour de la théorie de l'évolution. A partir d'un animal (baleine, oursin, humain, escargot, méduse, hyène), d'un végétal (petits pois, champignon, peuplier, pollen) ou d'une caractéristique (l'œil, la plume, le canal incisif), des points clés de l'évolution des espèces sont explicités et permettent une meilleure compréhension des problématiques et enjeux liés à la biodiversité. Un scientifique est étroitement associé à l'élaboration de chaque film et prête sa voix au commentaire. - Méduse et Cie : évolution et développement Evo-Dévo est une direction de la recherche qui associe génétique du développement, embryologie, anatomie et paléontologie dans une dynamique pluridisciplinaire extrêmement féconde. Michaël Manuel (UMPC) du laboratoire laboratoire Systématique, adaptation, évolution (UPMC / MNHN / CNRS / IRD) nous l'explique grâce aux méduses et aux cténaires.  
Mot(s) clés libre(s) : Darwin, évolution du vivant, classification phylogénétique