L'analyse des systèmes agricoles passe aujourd'hui par l'étude de leurs interactions avec l'environnement qu'il soit physique, économique ou social. C'est dans ce contexte que s'inscrit l'objet de cette recherche doctorale. Nous proposons tout d'abord de mener une réflexion sur les évolutions récentes de l'agriculture française, particulièrement sur la dernière période intercensitaire durant laquelle les transformations ont été les plus radicales. Mais le coeur de la recherche est consacré à un dispositif récent de l'aménagement du territoire : le Contrat Territorial d'Exploitation (CTE), aboutissement d'une réflexion menée sur les transformations de l'agriculture et sur leurs conséquences environnementales et territoriales. Le dispositif recouvre de nombreuses contraintes, que nous proposons d'identifier tout d'abord dans son processus de mise en oeuvre qui se révèle assez complexe, puis dans son application spatiale dans les régions françaises. Enfin, une étude des CTE à un niveau local plus fin est réalisée. Elle concerne deux départements franc-comtois : La Haute-Saône et le Doubs. Leur analyse permet de saisir la complexité de l'outil et les différents types de contrats existants dans les territoires d'étude. Elle permet d'aboutir à une typologie globale des exploitations agricoles en CTE, qui présente, au-delà des grandes tendances départementales, une grande diversité géographique de localisation. Même si un suivi n'a pas été possible, l'analyse ouvre de nombreuses interrogations quant à l'efficacité de l'outil et de son successeur, le Contrat d'Agriculture Durable (CAD).