Les années 2000 ont vu émerger des souches particulières de bactéries multi-résistantes (BMR) dans le cadre hospitalier, en France et dans le reste du monde. Ces BMR qui pour certaines sont en passe d’échapper à l’arsenal d’antibiotiques disponibles font craindre un retour à l’ère pré-antibiotique. L’objectif de cette thèse était de caractériser ces phénomènes émergents à l’échelle d’un hôpital universitaire régional ou de l’inter-région Est. Nous avons montré que le profil de résistance aux antibiotiques constitue un outil utile et pertinent pour la détection de souches de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) productrices de toxines PVL (leucocidine de Panton-Valentin) ou TSST-1 (toxine-1 du syndrome de choc toxique). De plus, des approches écologiques temporelles nous ont permis de démontrer l’efficacité de mesures d’hygiène (précautions complémentaires, utilisation de produits hydro-alcooliques…) dans le contrôle de la diffusion d’Acinetobacter baumannii et de SARM au sein du CHU de Besançon. Une approche multiniveau nous a permis d’apporter un éclairage nouveau sur la part relative des caractéristiques individuelles des patients, identifiée comme prépondérante par rapport au contexte (écologie) dans l’hétérogénéité de la prévalence des infections à Pseudomonas aeruginosa dans les hôpitaux de l’Est de la France. En outre, l’épidémiologie moléculaire de P. aeruginosa multi-résistant au CHU de Besançon révélait que les souches multi-résistantes de cette bactérie semblent émerger parmi des souches moins résistantes qui elles sont endémiques et diffusent largement par transmission croisée. Par ailleurs, la même approche montrait que l’émergence d’Escherichia coli producteur de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) au niveau de l’inter-région Est impliquait un clone majeur, le clone intercontinental O25 : H4-ST131 qui représentait environ 30% des souches de cette BMR, appartenait au groupe phylogénétique B2 et présentait une BLSE de type CTX-M-15 principalement. Finalement, l’étude de ces phénomènes émergents parmi les BMR montre que le contrôle de la multi-résistance bactérienne représente un défi d’aujourd’hui et de demain.