Lorsqu’une entreprise prend la décision stratégique de lancer une nouvelle famille de produits ou de concevoir un produit existant, l’architecte système a pour mission de concevoir ou faire évoluer, en même temps, l’organisation du projet pour la rendre plus performante. Dans ce mémoire, notre objectif est de développer des modèles et méthodes permettant d’aider les architectes système dans cette double activité. Dans le cadre de l’Ingénierie Système, notre méthode se base sur la définition de nos propres concepts d’architecture et de conception modulaire pour les étendre à la définition de l’architecture de l’organisation du projet. Nous proposons ensuite, en cohérence avec notre positionnement, un algorithme de clustering utilisant l’outil DSM comme méthode de représentation, cet algorithme a pour fonction de révéler l’architecture d’un domaine en partant de sa représentation matricielle (DSM). L’application de notre méthode de développement des architectures est liée aux quatre situations de conceptions identifiées. Pour chacune de ces situations, nous proposons une méthode de conception des architectures, faisant appel à un traitement flou et/ou à des opérations matricielles. Chacune de ces situations est ensuite illustrée par une application à la conception d’un moteur thermique de l’industrie automobile. La démarche présentée dans ce chapitre est une vision statique de la conception des architectures. Face à cette vision statique, nous montrons la nécessité de faire « co-évaluer » les architectures couplées. Nous proposons alors l’exploration des incertitudes comme méthode pour suivre l’évolution des systèmes (perturbations) étudiés. Nous développons une méthode basée sur un traitement flou pour faire co-évaluer les architectures perturbées et pour les rendre cohérentes.