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Université de Franche-Comté
/ 23-10-2009
Bompangue Nkoko Didier
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Le choléra est une maladie diarrhéique contagieuse strictement humaine, causée
par Vibrio cholerae, un bacille gram négatif. La maladie se traduit par une diarrhée
aqueuse profuse parfois accompagnée de vomissements survenant quelques heures à quelques jours après l’ingestion d’eau ou d’aliments souillés par V. cholerae. Dans l’environnement, V. cholerae est retrouvé dans les eaux saumâtres des zones d’estuaire où il colonise la surface de certaines algues et de copépodes, pouvant ainsi persister en l’absence de l’homme pendant des périodes de temps prolongées. C’est le cas dans les zones estuariennes d’Asie du Sud-Est telle que la région du golfe du Bengale, où la maladie est connue depuis la plus haute antiquité. Après avoir été relativement épargnée par les six premières pandémies, l’Afrique continentale a été frappée par la 7ème pandémie en 1970. Depuis cette date, selon l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), plus de 90 % des cas de choléra sont rapportés par l’Afrique sub-saharienne. La République Démocratique du Congo (RDC) fait partie des pays les plus touchés. En RDC, de 2000 à 2008, 208 875 cas et 7 335 décès (létalité de 3,51%) dus au choléra ont été notifiés à l’OMS, soit 15 % des cas et 20 % des décès rapportés dans le monde pour la même période. Ces cas de choléra touchent essentiellement les provinces de l’est de la RDC, situées dans la région des grands lacs. Après plus de trente ans de lutte contre le choléra en RDC, une étude épidémiologique de la dynamique du choléra a été initiée dans ce pays dans le but de comprendre les facteurs de récurrence épidémique et de proposer des ajustements sur les approches opérationnelles. Les principaux résultats de ce travail de recherche ont permis de mettre en évidence qu’à peine 10 % des zones de santé, toutes situées à proximité des lacs de l’est de la RDC, jouent le rôle de zones sanctuaires pour le choléra . Ces résultats ont également permis de mettre en évidence la saisonnalité du choléra, avec moins de cas en saison sèche, et le rôle spécifique des populations de pêcheurs, de commerçants et de mineurs artisanaux dans l’émergence et la diffusion des épidémies de choléra. Il a également été démontré que le choléra n’est pas endémique dans toutes les régions de l’est de la RDC. Le fonctionnement du choléra dans cette région d’Afrique est globalement instable avec des flambées épidémiques suivies de phases d’extinction relativement prolongées, les flambées épidémiques se produisant selon un mode métastable lorsqu’on considère l’Est de la RDC dans son ensemble. Cependant, il a aussi été montré que certains foyers fonctionnant jusque-là sur un mode métastable sont, depuis quelques années, passés à un fonctionnement endémique. C’est le cas des foyers de Kalemie et de Goma. Sur la base de ces résultats, il a été recommandé la mise en place d’un projet de lutte contre le choléra avec pour objectif d’éliminer cette maladie de l’ensemble de la
RDC. Ce plan vise à concentrer les efforts de lutte sur les sept foyers sanctuaires identifiés en privilégiant les apports en eau potable parmi l’éventail des moyens de lutte existant. Lorsque les premières actions ont été mises en oeuvre sur le site pilote de Kalemie, nous avons constaté une diminution importante de l’incidence du choléra, tandis que les examens microbiologiques ont confirmé que les quelques cas de diarrhée encore rapportés à Kalemie n’étaient plus dus à V. cholerae mais à d’autres bactéries. L’épidémiologie du choléra telle que nous l’observons dans la région des Grands Lacs africains est différente de celle décrite en zone estuarienne d’Asie du Sud-Est. Même si plusieurs questionnements subsistent concernant les modes de persistance du choléra dans les zones lacustres ou la pérennité du V. cholerae dans les eaux des lacs, les résultats de ce travail sont porteurs d’un nouvel espoir pour la relance de la lutte contre cette maladie négligée.
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Université de Franche-Comté
/ 02-07-2007
Boutareaud Sébastien
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Cette thèse vise à étudier les propriétés thermo-poro-mécaniques de roches de faille, à partir de l’analyse structurale et microstructurale d’une faille aujourd’hui à l’affleurement et à partir d’expériences menées en laboratoire, en vue de déterminer les processus qui contrôlent l'efficacité de deux mécanismes responsables de d’affaiblissement cosismiques : la pressurisation thermique et le mécanisme d’affaiblissement par drainage. L'étude de terrain a été conduite sur deux affleurements appartenant à une faille décrochante potentiellement active appartenant au système de failles du Chugoku occidental (Japon) : la faille d’Usukidani. Le travail expérimental a quant à lui été mené dans le laboratoire de déformation des roches de l'Université de Kyoto. Les résultats majeurs de ce travail sont exposés ci- dessous.
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Université de Franche-Comté
/ 30-11-2009
Boyer Cécile
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: Ce travail de thèse a concerné l'étude des phénomènes d'absorption et d'incorporation sous forme organique du tritium dans un végétal de consommation courante, la laitue (Lactuca sativa L.), en réponse à une exposition atmosphérique. Il apparaît que la voie foliaire joue un rôle primordial dans l'absorption du tritium au sein de l'eau tissulaire des plants. Quels que soient le stade de développement des plants et les conditions d'éclairement, le temps nécessaire pour atteindre l'équilibre des concentrations dans l'eau libre et dans la vapeur d'eau de l'air est de plusieurs heures; le rapport des concentrations est alors de l'ordre de 0,4. Dans le sol, le temps de mise à l'équilibre dépasse généralement 24 heures; le rapport des concentrations à l'état stationnaire est compris entre 0,01 et 0,26. Le taux d'incorporation du tritium de l'eau tissulaire sous forme organique est de l'ordre de 0,13 à 0,16 % h-l en moyenne sur la durée de vie entière de la plante. Cependant, l'incorporation de l'OBT dépend fortement du stade de développement du végétal. La période de plus forte intégration du tritium sous forme organique correspond à la phase de croissance exponentielle des végétaux. Le dépôt et la diffusion du tritium dans le sol entrainent des activités significatives dans la fraction organique du sol. Les résultats obtenus vont globalement dans le sens d'une mise à l'équilibre des concentrations du tritium dans le végétal (eau libre et tritium organique) avec celles de l'environnement (atmosphère, sol). Certaines expériences ont néanmoins révélé des activités OBT anormalement élevées dans les laitues au regard des niveaux d'exposition et posent la question d'un possible phénomène d'accumulation locale du tritium dans la matière organique pour des conditions particulières d'exposition.
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Université de Franche-Comté
/ 07-12-2009
Briot Marc
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Depuis 2001, les produits forestiers peuvent, au même titre qu'un produit alimentaire, prétendre à une reconnaissance en Appellation d'Origine Contrôlée (AOC). Comme le laissait supposer les études de notoriété des bois résineux du massif du Jura, les premières études sur leur résistance mécanique les classent parmi les meilleurs bois d'Europe. Cette étude a permis de déterminer les critères écologiques déterminant les spécificités des bois du Jura afin de permettre aux gestionnaires d'appuyer la future délimitation de l'AOC sur des éléments objectifs. La démarche scientifique s'appuie sur les études antérieures de caractérisation des terroirs viticoles (Vaudour, 2002) et fromagers (Monnet, 1996). Les critères écologiques pris en compte sont principalement les données climatiques et pédologiques. Un protocole de cartographie des sols forestiers du massif jurassien a été défini de façon stratifié et hiérarchisé. Il est basé sur la variabilité des compartiments géologiques et la topographie (unité "géo-topographique"). Le massif a été découpé en quatre zones de référence à l'intérieur desquelles un échantillonnage a été réalisé pour décrire la diversité et l'abondance des sols dans chaque unité géo-topographique aboutissant à 13 unités complexes de sols (UCS). La description morphologique des sols a été réalisée pour évaluer leurs propriétés édaphiques, à l'aide d'un indice synthétique (CE RU). Sur la base de ces données, 27 stations représentatives ont été sélectionnées pour leur variabilité des conditions locales sur l'ensemble du massif pour préciser les relations entre les conditions stationnelles et les caractéristiques du peuplement sylvicole. Sur chaque station, une étude détaillée du sol est réalisée (description du profil, pierrosité, carte systématique de la profondeur). Les arbres sont mesurés et localisés avec précision à l'intérieur de la station. Les mesures dendrométriques ont été complétées par des mesures ultrasonores de qualité mécanique du bois. Les résultats ont montré qu'il existe une influence significative de la richesse nutritive de la station et de la réserve utile individuelle sur la densité du bois de résineux du massif. Les arbres présentent une densité plus importante lorsqu'ils sont localisés sur des stations au pH.au élevé et ayant accès à un volume de sol lr'f1portant. La répartition géographique des stations d'étude a permis de montrer qu'il n'existait pas d'effet de l'altitude. A conditions pédologiques voisines, il n'y aura pas de différence entre deux stations à des altitudes différentes. L'ensemble des conditions écologiques est homogène à l'échelle du massif du Jura, malgré une variabilité qui peut s'avérer importante à une échelle locale. Cette étude a également confirmé que les sapins et les épicéas du massif étaient des arbres d'une grande qualité selon une variabilité relativement faible. De part son contexte (précipitations importantes, roche calcaire, gamme d'altitude moyenne, pentes variées et sols brunifiés), le terroir jurassien est original. Au-delà du zonage AOC "Bois du Jura", ces données apportent des informations nouvelles sur les relations propriétés des sols et les roches et sur la dimension spatiale des relations sol-arbre.
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Université de Franche-Comté
/ 15-12-2006
Cartannaz Charles
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Le Massif de Guéret, localisé dans la partie NW du Massif Central français, est composé du complexe magmatique de Guéret qui peut être subdivisé en plus d’une vingtaine de massifs granitoïdes dont les mises en place s’étalent sur plus de 30 Ma (360-330 Ma). La genèse des premières venues en forme laccolithique trouve son origine dans un contexte d’effondrement de la chaîne Varisque, responsable du magmatisme calco-alcalin dû à la fusion du manteau lithosphérique. Avec un retard de 10 à 20 Ma, l’apport de chaleur de ces magmas mantelliques provoque la fusion de la croûte inférieure responsable des granitoïdes peralumineux du complexe magmatique de Guéret. Les prémices de cette tectonique en extension sont déjà enregistrés à 375 Ma lors de la mise en place des anatexites grenues à cordiérites (aubussonites) qui se comportent comme un magma qui s’est déplacé. Ce contexte extensif est contemporain des grands cisaillements dextres, orientés N110/120, dont les déplacements majeurs sont réalisés avant 355 Ma lors de la mise en place des venues non déformées du complexe magmatique de Guéret. Après 355 Ma, les intrusions peralumineuses de ce complexe enregistrent un contexte en raccourcissement NS. Les déplacements dextres horizontaux s’effectuent alors le long de failles orientées N150/160 qui recoupent les failles N110/120. Les intrusions syntectoniques de la chaîne de la Marche et du nord Millevaches enregistrent principalement une déformation coaxiale. Le Sillon Houiller N20 joue probablement avec un jeu conjugué senestre par rapport aux failles dextres N150/160 du Système Faillé de la Creuse. Enfin, un climat tectonique avec un champ de déformation superposée (extension syn- convergent) permet de rendre compte des régimes de déformation décrochant et normal enregistrés par les magmas syntectoniques mis en place entre 340 et 335 Ma.
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Université de Franche-Comté
/ 09-07-2008
Knapp Jenny
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Echinococcus multilocularis est un parasite nécessitant pour survivre un passage successif entre les carnivores, comme le renard et les micro-mammifères. Le parasite est responsable chez l’homme de l’Echinococcose alvéolaire, une maladie mortelle si elle n’est pas prise en charge. Uniquement décrit dans l’hémisphère nord (Chine, Japon, Europe et Amérique du Nord), la distribution spatiale du parasite semble connaître une évolution récente, notamment en Europe, où l’Arc alpin est décrit comme le foyer historique d’E. multilocularis dans cette région. Le génotypage a été choisi pour étudier la diffusion du parasite en Europe. Cependant, le manque d’outils de détection du polymorphisme du parasite nécessitait la recherche et la caractérisation de marqueurs possédant un haut pouvoir discriminant. Après caractérisation et validation de la cible EmsB multilocus répétée en tandem, la diversité génétique du parasite en Europe a été étudiée à différentes échelles spatiales d’analyse. A l’échelle micro-locale (rongeurs parasités d’une même pâture), les isolats présentaient une faible diversité génétique entre eux, évoquant une contamination des rongeurs par une même source infectieuse (e.g. les fèces d’un même renard parasité). A l’échelle locale (900 km²), 140 parasites de 25 renards ont été étudiés. Les parasites présentaient une diversité génétique permettant de distinguer 6 profils EmsB. La présence simultanée de différents profils chez le renard a été décrite de manière fréquente, évoquant des infestations répétées des renards. Un faible taux d’hétérozygotie a été trouvé chez le parasite, ce qui pourrait être expliqué par un mode de reproduction principalement clonal. A l’échelle continentale (9 sous-régions européennes de la zone endémique historique et de la périphérie de celle-ci) la diversité génétique et la structure spatiale du polymorphisme ont été étudiées à partir de 653 isolats (596 vers adultes isolés de 129 renards, 57 lésions opérés chez des patients et des animaux vivant en captivité). Une grande diversité génétique a été observée en Europe, avec la description de 54 profils EmsB. Des profils transversaux ont été trouvés de part et d’autre de la zone d’étude alors que d’autres plus endémiques étaient limités spatialement. L’étude de la composition génétique au sein des sous-régions européennes a permis de mettre en évidence une plus grande diversité génétique dans le foyer historique par rapport à sa zone périphérique, où quelques profils représentaient la majorité des parasites. Cette distribution évoque une dispersion du parasite à partir de la zone centrale vers la zone périphérique dans un système de transmission « continent-île ». Chez l’homme et l’animal en captivité des profils EmsB décrits comme endémiques ont été trouvés sur plusieurs années, montrant une contamination de manière locale par une même souche. Cette étude constitue la première application d’un marqueur microsatellite multilocus pour l’étude de la circulation d’un helminthe à l’échelle continentale.
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Université de Franche-Comté
/ 02-09-2009
Maillard Stéphane
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L'échinococcose kystique est une zoonose helminthique qui demeure encore à l'heure actuelle, un véritable problème de santé sanitaire et socioéconomique pour de nombreuses régions pastorales dans le monde. Son agent étiologique, le cestode Echinococcus granulosus sensu lato, est présent sur tous les continents et implique de nombreuses espèces animales dans son cycle biologique. Ce parasite présente une forte hétérogénéité, notamment génétique, si bien que plusieurs souches ont progressivement été définies. Toutefois, depuis quelques années, les études menées sur ces souches ont montré la nécessité de réviser la taxonomie du groupe E. granulosus sensu lato. Lutter contre l'échinococcose kystique requiert de connaître au mieux les variants de ce groupe, leur statut, leurs hôtes, leurs modes de circulation et de transmission à l'homme. Le principal objectif de ce travail de recherche était donc de définir une approche permettant à la fois d'identifier des variants que nous pourrions suivre à différentes échelles géographiques et discuter la taxonomie du parasite. Nous avons commencé par l'évaluation de différents outils de typage actuellement disponibles, grâce à l'étude de deux foyers fortement endémiques. Bien qu'elle nous ait donné la possibilité de discuter le statut taxonomique des souches identifiées, cette évaluation montra l'insuffisance du polymorphisme des marqueurs mitochondriaux et nucléaires communément utilisés. Par conséquent, nous nous sommes intéressés à des marqueurs potentiellement plus variables, les microsatellites. Parmi ceux testés, le microsatellite multilocus EmsB identifia un grand nombre de variants, différents modes de circulation mais aussi, des échanges génétiques. Combinés avec les marqueurs de référence, EmsB peut donc s'avérer très utile pour l'étude du développement spatial et temporel des variants E. granulosus sensu lato et de leur taxonomie. Elaborer une carte de distribution détaillée et une nomenclature pertinente de ces variants permettraient d'améliorer le ciblage des campagnes de lutte contre l'échinococcose kystique.
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Université de Franche-Comté
/ 17-12-2007
Milleville Annabelle
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A partir des séries lacustres de Chalain/Clairvaux (Jura), Charavines Les Baigneurs (Isère) et Sutz-Lattrigen Riedstation (Suisse), la gestion de l'outillage lithique pondéreux est abordée, depuis l'approvisionnement en matière première jusqu'au rejet des outils. Le premier axe de recherche est chronologique et c est dans la Combe d Ain, en milieu calcaire, qu il trouve son meilleur terrain d application. Pour le matériel de mouture et de broyage, la gestion des matières premières est différente entre le Néolithique moyen et le Néolithique final, avec le choix de matériaux locaux d une part, majoritairement exogènes d autre part. Au Néolithique final, la gestion des matières premières diffère selon leur origine, une valeur plus importante est accordée aux matériaux siliceux, importés sur des distances de 50 km et plus ; l évolution la plus nette est celle de la réorientation des réseaux d approvisionnement, synchrone des changements culturels. Pour les polissoirs, les matières premières, majoritairement des grès fins, ne changent pas durant le Néolithique final, et certains gîtes sont déjà connus au Néolithique moyen ; la gestion des supports, à savoir une utilisation maximale des outils, est une constante entre 3200 et 2600 av. J.-C. à Chalain/Clairvaux. Le second axe de recherche est celui de la répartition spatiale des artefacts. Il semble que les moulins de type va-et-vient soient utilisés devant les habitations ou dans l aire du pas-de-porte, avec une possible évolution de la localisation de l activité de mouture, de l extérieur vers l intérieur de la maison, évolution symptomatique de la modification des fonctionnements sociaux au Néolithique final.
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Université de Franche-Comté
/ 09-11-2005
Morilhat Romain Céline
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En France, dans les prairies de moyenne montagne, les populations de campagnol terrestre (Arvicola terrestris) sont à l'origine de pullulations cycliques. Le rôle du paysage est établi aux échelles régionale et sectorielle mais on ne connaît pas le rôle des caractéristiques édaphiques des prairies à l'échelle parcellaire. L'objectif de ce travail de thèse était de déterminer, à l'échelle parcellaire, le rôle de la végétation des prairies, en relation avec le sol et le mode de conduite agricole, sur la dynamique des populations de campagnol. Dans des parcelles agricoles situées en Franche-Comté, les populations de campagnol ont été suivies pendant les phases de croissance et de haute densité d'un cycle de population La végétation a été étudiée par ses caractéristiques structurelles et fonctionnelles. Les propriétés du sol ont été évaluées par les caractéristiques morphologiques et physico-chimiques. Les données de pratiques agricoles ont été recueillies par le biais d'enquêtes auprès des exploitants agricoles. Les principaux résultats montrent que les dynamiques de croissance des populations de campagnol sont favorisées par un régime agricole de production intensif, engendrant une végétation de faible diversité spécifique et de forte valeur pastorale. Ponctuellement, en phase de haute densité, les populations de campagnol sont favorisées par un couvert végétal haut et homogène et défavorisées par le pâturage intensif et le travail du sol. En conclusion, notre étude montre qu'un seul facteur explicatif n'est pas suffisant mais que c'est bien la configuration d'un ensemble de variables qui explique la dynamique de populations de campagnol à l'échelle parcellaire.
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Université de Franche-Comté
/ 05-11-2007
Sauty Christophe
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L objectif de la thèse est de percevoir l état du peuplement, dans son contexte spatial, aux différentes époques préhistoriques et historiques (de la Préhistoire ancienne à l époque moderne et contemporaine) et de mesurer son évolution dans le milieu particulier de la basse vallée du Doubs, sur un transect qui va de Petit-Noir / Neublans, à la limite du Jura, à la confluence Saône / Doubs en Saône-et-Loire. Une vingtaine de communes sont ici concernées. Ce secteur est celui d une zone humide, profondément marquée par la rivière du Doubs ; un aspect essentiel de la problématique est alors de mieux comprendre la relation que l homme a pu entretenir avec un environnement à la fois difficile (inondation, évolution incessante du cours de la rivière ) et attractif (fertilité des sols, rôle de la vallée comme axe de communication ). Sur ce point, nous nous sommes globalement attachés à définir le cadre dans lequel l homme a pu vivre à différents moments (en recourant à la géologie, la climatologie, pédologie, la palynologie, la microtoponymie, etc.), et, plus particulièrement, à étudier les variations du lit mineur du Doubs au cours des cinq derniers siècles grâce aux cartes anciennes et aux missions aériennes de l IGN. A cet égard, on peut diviser notre secteur en deux parties, l une allant de Petit-Noir à Mont-les-Seurre, à l est, où la rivière a connu une dynamique alluviale intense (méandres, anabranches, tresses et anastomoses) et l autre, entre Mont-les-Seurre et Verdun-sur-le-Doubs, à l ouest, dans laquelle le Doubs semble n avoir que peu évolué, depuis au moins la Protohistoire, comme l indique la reconnaissance de gués assez stables. Placée entre la plaine doloise (le Finage) au nord, la Bresse jurassienne et bourguignonne à l ouest et au sud et les marges bourguignonnes à l ouest, la basse vallée du Doubs est une zone charnière. De même qu elle constitue depuis l époque moderne une zone de contact entre la Bourgogne et la Franche-Comté, elle impliquait déjà dans l Antiquité (âge du Fer et époque romaine), les peuples éduen et séquane dont la limite est à chercher dans notre zone d étude. Située sur l axe fondamental Rhône Saône Doubs Rhin, cette zone fut sans doute parcourue dès le Paléolithique et fut bien occupée, à partir du Néolithique, par des populations agricoles. Pour la Protohistoire et l époque romaine (plus de 600 impacts archéologiques recensés pour cette seule dernière période), notre documentation atteste de la densification du tissu rural, de la montée en puissance du système viaire, du dynamisme des échanges, alors qu au Moyen Age se dessine un nouveau modèle d organisation territoriale et d aménagement de l espace qui anticipe sur les changements à venir. Au total, alors que jusqu en 1950 le nombre de sites connus restait infime dans la basse vallée du Doubs, au point d entretenir là la vision d une zone à priori désolée, pour des raisons d ordre naturel, les prospections conduites depuis les années 1980 permettent de recenser plus de 1000 impacts archéologiques, démontrant aujourd hui que cette zone ne fut en aucun cas un no man s land mais au contraire un lieu extrêmement vivant dès la Préhistoire. Sur toutes ces questions (volume 1), nous avons donc tenté de mobiliser l ensemble des données historiques et archéologiques et ceci explique la place importante des données d inventaire dans la thèse (volumes 2, 3, 4). Au plan méthodologique, la difficulté principale fut, pour nous, moins de trouver, en différents lieux, les séries documentaires nécessaires à la construction du sujet, que d articuler ces différentes séries entre elles ; séries à la fois parallèles et discontinues, fluctuantes dans le temps et l espace, orientant souvent le discours archéologique entre Mémoire et Histoire.
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