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Université de Franche-Comté
/ 09-11-2005
Morilhat Romain Céline
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En France, dans les prairies de moyenne montagne, les populations de campagnol terrestre (Arvicola terrestris) sont à l'origine de pullulations cycliques. Le rôle du paysage est établi aux échelles régionale et sectorielle mais on ne connaît pas le rôle des caractéristiques édaphiques des prairies à l'échelle parcellaire. L'objectif de ce travail de thèse était de déterminer, à l'échelle parcellaire, le rôle de la végétation des prairies, en relation avec le sol et le mode de conduite agricole, sur la dynamique des populations de campagnol. Dans des parcelles agricoles situées en Franche-Comté, les populations de campagnol ont été suivies pendant les phases de croissance et de haute densité d'un cycle de population La végétation a été étudiée par ses caractéristiques structurelles et fonctionnelles. Les propriétés du sol ont été évaluées par les caractéristiques morphologiques et physico-chimiques. Les données de pratiques agricoles ont été recueillies par le biais d'enquêtes auprès des exploitants agricoles. Les principaux résultats montrent que les dynamiques de croissance des populations de campagnol sont favorisées par un régime agricole de production intensif, engendrant une végétation de faible diversité spécifique et de forte valeur pastorale. Ponctuellement, en phase de haute densité, les populations de campagnol sont favorisées par un couvert végétal haut et homogène et défavorisées par le pâturage intensif et le travail du sol. En conclusion, notre étude montre qu'un seul facteur explicatif n'est pas suffisant mais que c'est bien la configuration d'un ensemble de variables qui explique la dynamique de populations de campagnol à l'échelle parcellaire.
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Université de Franche-Comté
/ 01-12-2006
Zhiyanski Miglena
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Le césium 137 est un des principaux éléments qui contaminent les écosystèmes forestiers. Globalement les massifs montagneux sont pollués de manière plus importante en raison de retombées radioactives globales. Les transferts de césium 137 dans le système sol plante ont été étudiés dans 5 écosystèmes forestiers sur sol brunifié dans le massif de Rila (Bulgarie). Les sols sont riches en éléments nutritifs et présentent un pH acide. La distribution verticale du césium dépend du pH et du taux de matière organique humi ée (MOH). Les systèmes racinaires sont principalement développés en surface (horizon A1). La biomasse racinaire varie en fonction de l âge des peuplements. Dans les racines fines, la teneur en éléments est fortement influencée par la teneur en MOH du sol. L âge des peuplements influence la composition élémentaire des aiguilles. Le césium est accumulé dans les horizons de surface. Les sols étudiés présentent des taux de MOH élevés et une CEC élevée Ceci laisse supposer une adsorption non spécifique du césium et sa biodisponibilité. D après les estimations du facteur de transfert sol arbre (résineux), le classement des espèces par ordre de vulnérabilité à la contamination est : Picea abies (L ) Karst > Abies alba Mill. > Pinus sylvestris L En conclusion, la composition chimique des racines fines des résineux étudiés dépend de la teneur en MOH et des concentrations des différents éléments dans le sol. Les arbres ne sont pas significativement contaminés par les métaux lourds, mais les sols peuvent subir une acidification et le risque de contamination par le Cd, le Pb et le Zn n est pas négligeable.
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Université de Franche-Comté
/ 15-12-2006
Cartannaz Charles
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Le Massif de Guéret, localisé dans la partie NW du Massif Central français, est composé du complexe magmatique de Guéret qui peut être subdivisé en plus d’une vingtaine de massifs granitoïdes dont les mises en place s’étalent sur plus de 30 Ma (360-330 Ma). La genèse des premières venues en forme laccolithique trouve son origine dans un contexte d’effondrement de la chaîne Varisque, responsable du magmatisme calco-alcalin dû à la fusion du manteau lithosphérique. Avec un retard de 10 à 20 Ma, l’apport de chaleur de ces magmas mantelliques provoque la fusion de la croûte inférieure responsable des granitoïdes peralumineux du complexe magmatique de Guéret. Les prémices de cette tectonique en extension sont déjà enregistrés à 375 Ma lors de la mise en place des anatexites grenues à cordiérites (aubussonites) qui se comportent comme un magma qui s’est déplacé. Ce contexte extensif est contemporain des grands cisaillements dextres, orientés N110/120, dont les déplacements majeurs sont réalisés avant 355 Ma lors de la mise en place des venues non déformées du complexe magmatique de Guéret. Après 355 Ma, les intrusions peralumineuses de ce complexe enregistrent un contexte en raccourcissement NS. Les déplacements dextres horizontaux s’effectuent alors le long de failles orientées N150/160 qui recoupent les failles N110/120. Les intrusions syntectoniques de la chaîne de la Marche et du nord Millevaches enregistrent principalement une déformation coaxiale. Le Sillon Houiller N20 joue probablement avec un jeu conjugué senestre par rapport aux failles dextres N150/160 du Système Faillé de la Creuse. Enfin, un climat tectonique avec un champ de déformation superposée (extension syn- convergent) permet de rendre compte des régimes de déformation décrochant et normal enregistrés par les magmas syntectoniques mis en place entre 340 et 335 Ma.
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Université de Franche-Comté
/ 28-06-2007
Viellet Amandine
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Les villages littoraux de Chalain et de Clairvaux représentent une chronologie de près d un millénaire et demi, depuis le néolithique Moyen Bourguignon (vers 4000 av. J.-C) jusqu au néolithique final (vers 2600 av. J.-C.). L excellente conservation des bois, en milieu humide et anaérobie, a permis la datation dendrochronologique directe de plus de 1 100 pièces d architecture de chêne ou de frêne. L objectif principal de ce travail est de présenter les limites et les potentialités de la méthode dendrochronologique pour montrer la vitesse évolutive des outillages, des techniques et des successions culturelles, parfois dans des laps de temps inférieurs à une génération. Afin d évaluer au mieux les limites de la méthode nous avons, dans un premier temps, réalisé un test sur un lot restreint de chênes et de frênes du village néolithique de Chalain 19, avant d étudier tous les bois de cet habitat. Les résultats obtenus ont ensuite été intégrés à une nouvelle synthèse dendrochronologique prenant en compte la totalité des bois datés sur l ensemble des villages des deux bassins lacustres de Chalain et de Clairvaux. Les courbes de croissance utilisées pour la synchronisation et la datation, offre aussi des informations écologiques essentielles que nous avons tenté d exploiter. Utilisée conjointement à l archéologie, la dendrochronologie reste un outil privilégié pour appréhender l écoulement du temps et l impact de l homme sur l’environnement.
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Université de Franche-Comté
/ 02-07-2007
Boutareaud Sébastien
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Cette thèse vise à étudier les propriétés thermo-poro-mécaniques de roches de faille, à partir de l’analyse structurale et microstructurale d’une faille aujourd’hui à l’affleurement et à partir d’expériences menées en laboratoire, en vue de déterminer les processus qui contrôlent l'efficacité de deux mécanismes responsables de d’affaiblissement cosismiques : la pressurisation thermique et le mécanisme d’affaiblissement par drainage. L'étude de terrain a été conduite sur deux affleurements appartenant à une faille décrochante potentiellement active appartenant au système de failles du Chugoku occidental (Japon) : la faille d’Usukidani. Le travail expérimental a quant à lui été mené dans le laboratoire de déformation des roches de l'Université de Kyoto. Les résultats majeurs de ce travail sont exposés ci- dessous.
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Université de Franche-Comté
/ 05-11-2007
Sauty Christophe
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L objectif de la thèse est de percevoir l état du peuplement, dans son contexte spatial, aux différentes époques préhistoriques et historiques (de la Préhistoire ancienne à l époque moderne et contemporaine) et de mesurer son évolution dans le milieu particulier de la basse vallée du Doubs, sur un transect qui va de Petit-Noir / Neublans, à la limite du Jura, à la confluence Saône / Doubs en Saône-et-Loire. Une vingtaine de communes sont ici concernées. Ce secteur est celui d une zone humide, profondément marquée par la rivière du Doubs ; un aspect essentiel de la problématique est alors de mieux comprendre la relation que l homme a pu entretenir avec un environnement à la fois difficile (inondation, évolution incessante du cours de la rivière ) et attractif (fertilité des sols, rôle de la vallée comme axe de communication ). Sur ce point, nous nous sommes globalement attachés à définir le cadre dans lequel l homme a pu vivre à différents moments (en recourant à la géologie, la climatologie, pédologie, la palynologie, la microtoponymie, etc.), et, plus particulièrement, à étudier les variations du lit mineur du Doubs au cours des cinq derniers siècles grâce aux cartes anciennes et aux missions aériennes de l IGN. A cet égard, on peut diviser notre secteur en deux parties, l une allant de Petit-Noir à Mont-les-Seurre, à l est, où la rivière a connu une dynamique alluviale intense (méandres, anabranches, tresses et anastomoses) et l autre, entre Mont-les-Seurre et Verdun-sur-le-Doubs, à l ouest, dans laquelle le Doubs semble n avoir que peu évolué, depuis au moins la Protohistoire, comme l indique la reconnaissance de gués assez stables. Placée entre la plaine doloise (le Finage) au nord, la Bresse jurassienne et bourguignonne à l ouest et au sud et les marges bourguignonnes à l ouest, la basse vallée du Doubs est une zone charnière. De même qu elle constitue depuis l époque moderne une zone de contact entre la Bourgogne et la Franche-Comté, elle impliquait déjà dans l Antiquité (âge du Fer et époque romaine), les peuples éduen et séquane dont la limite est à chercher dans notre zone d étude. Située sur l axe fondamental Rhône Saône Doubs Rhin, cette zone fut sans doute parcourue dès le Paléolithique et fut bien occupée, à partir du Néolithique, par des populations agricoles. Pour la Protohistoire et l époque romaine (plus de 600 impacts archéologiques recensés pour cette seule dernière période), notre documentation atteste de la densification du tissu rural, de la montée en puissance du système viaire, du dynamisme des échanges, alors qu au Moyen Age se dessine un nouveau modèle d organisation territoriale et d aménagement de l espace qui anticipe sur les changements à venir. Au total, alors que jusqu en 1950 le nombre de sites connus restait infime dans la basse vallée du Doubs, au point d entretenir là la vision d une zone à priori désolée, pour des raisons d ordre naturel, les prospections conduites depuis les années 1980 permettent de recenser plus de 1000 impacts archéologiques, démontrant aujourd hui que cette zone ne fut en aucun cas un no man s land mais au contraire un lieu extrêmement vivant dès la Préhistoire. Sur toutes ces questions (volume 1), nous avons donc tenté de mobiliser l ensemble des données historiques et archéologiques et ceci explique la place importante des données d inventaire dans la thèse (volumes 2, 3, 4). Au plan méthodologique, la difficulté principale fut, pour nous, moins de trouver, en différents lieux, les séries documentaires nécessaires à la construction du sujet, que d articuler ces différentes séries entre elles ; séries à la fois parallèles et discontinues, fluctuantes dans le temps et l espace, orientant souvent le discours archéologique entre Mémoire et Histoire.
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Université de Franche-Comté
/ 17-12-2007
Milleville Annabelle
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A partir des séries lacustres de Chalain/Clairvaux (Jura), Charavines Les Baigneurs (Isère) et Sutz-Lattrigen Riedstation (Suisse), la gestion de l'outillage lithique pondéreux est abordée, depuis l'approvisionnement en matière première jusqu'au rejet des outils. Le premier axe de recherche est chronologique et c est dans la Combe d Ain, en milieu calcaire, qu il trouve son meilleur terrain d application. Pour le matériel de mouture et de broyage, la gestion des matières premières est différente entre le Néolithique moyen et le Néolithique final, avec le choix de matériaux locaux d une part, majoritairement exogènes d autre part. Au Néolithique final, la gestion des matières premières diffère selon leur origine, une valeur plus importante est accordée aux matériaux siliceux, importés sur des distances de 50 km et plus ; l évolution la plus nette est celle de la réorientation des réseaux d approvisionnement, synchrone des changements culturels. Pour les polissoirs, les matières premières, majoritairement des grès fins, ne changent pas durant le Néolithique final, et certains gîtes sont déjà connus au Néolithique moyen ; la gestion des supports, à savoir une utilisation maximale des outils, est une constante entre 3200 et 2600 av. J.-C. à Chalain/Clairvaux. Le second axe de recherche est celui de la répartition spatiale des artefacts. Il semble que les moulins de type va-et-vient soient utilisés devant les habitations ou dans l aire du pas-de-porte, avec une possible évolution de la localisation de l activité de mouture, de l extérieur vers l intérieur de la maison, évolution symptomatique de la modification des fonctionnements sociaux au Néolithique final.
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Université de Franche-Comté
/ 09-07-2008
Knapp Jenny
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Echinococcus multilocularis est un parasite nécessitant pour survivre un passage successif entre les carnivores, comme le renard et les micro-mammifères. Le parasite est responsable chez l’homme de l’Echinococcose alvéolaire, une maladie mortelle si elle n’est pas prise en charge. Uniquement décrit dans l’hémisphère nord (Chine, Japon, Europe et Amérique du Nord), la distribution spatiale du parasite semble connaître une évolution récente, notamment en Europe, où l’Arc alpin est décrit comme le foyer historique d’E. multilocularis dans cette région. Le génotypage a été choisi pour étudier la diffusion du parasite en Europe. Cependant, le manque d’outils de détection du polymorphisme du parasite nécessitait la recherche et la caractérisation de marqueurs possédant un haut pouvoir discriminant. Après caractérisation et validation de la cible EmsB multilocus répétée en tandem, la diversité génétique du parasite en Europe a été étudiée à différentes échelles spatiales d’analyse. A l’échelle micro-locale (rongeurs parasités d’une même pâture), les isolats présentaient une faible diversité génétique entre eux, évoquant une contamination des rongeurs par une même source infectieuse (e.g. les fèces d’un même renard parasité). A l’échelle locale (900 km²), 140 parasites de 25 renards ont été étudiés. Les parasites présentaient une diversité génétique permettant de distinguer 6 profils EmsB. La présence simultanée de différents profils chez le renard a été décrite de manière fréquente, évoquant des infestations répétées des renards. Un faible taux d’hétérozygotie a été trouvé chez le parasite, ce qui pourrait être expliqué par un mode de reproduction principalement clonal. A l’échelle continentale (9 sous-régions européennes de la zone endémique historique et de la périphérie de celle-ci) la diversité génétique et la structure spatiale du polymorphisme ont été étudiées à partir de 653 isolats (596 vers adultes isolés de 129 renards, 57 lésions opérés chez des patients et des animaux vivant en captivité). Une grande diversité génétique a été observée en Europe, avec la description de 54 profils EmsB. Des profils transversaux ont été trouvés de part et d’autre de la zone d’étude alors que d’autres plus endémiques étaient limités spatialement. L’étude de la composition génétique au sein des sous-régions européennes a permis de mettre en évidence une plus grande diversité génétique dans le foyer historique par rapport à sa zone périphérique, où quelques profils représentaient la majorité des parasites. Cette distribution évoque une dispersion du parasite à partir de la zone centrale vers la zone périphérique dans un système de transmission « continent-île ». Chez l’homme et l’animal en captivité des profils EmsB décrits comme endémiques ont été trouvés sur plusieurs années, montrant une contamination de manière locale par une même souche. Cette étude constitue la première application d’un marqueur microsatellite multilocus pour l’étude de la circulation d’un helminthe à l’échelle continentale.
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Université de Franche-Comté
/ 28-11-2008
Thivet Matthieu
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L’agglomération de Mandeure-Mathay (Epomanduodurum) constitue la seconde ville de Séquanie, derrière la capitale de cité Besançon-Vesontio, par sa taille, son équipement urbain, sa panoplie monumentale et ses fonctions. Elle st implémentée dans la vallée du Doubs, au débouché de la plaine d’Alsace (« Porte de Bourgogne », dans une zone de passage entre les Vosges et le Jura permettant notamment la communication entre le sillon rhodanien et la plaine du Rhin. Les premières recherches « organisées » sur le site remontent à la fin du XVIIIe siècle, mais c’est au début du XIXe siècle que les édifices majeurs tels que le théâtre (1820) et le sanctuaire (1880) de l’agglomération antique furent découverts. La démarche prospective, initiée à partir de 2003 par ce travail de doctorat, visait à rassembler dans le SIG ArcGIS d’ESRIc, l’ensemble des informations spatialisées fournies par les sources documentaires.
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Université de Franche-Comté
/ 02-09-2009
Maillard Stéphane
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L'échinococcose kystique est une zoonose helminthique qui demeure encore à l'heure actuelle, un véritable problème de santé sanitaire et socioéconomique pour de nombreuses régions pastorales dans le monde. Son agent étiologique, le cestode Echinococcus granulosus sensu lato, est présent sur tous les continents et implique de nombreuses espèces animales dans son cycle biologique. Ce parasite présente une forte hétérogénéité, notamment génétique, si bien que plusieurs souches ont progressivement été définies. Toutefois, depuis quelques années, les études menées sur ces souches ont montré la nécessité de réviser la taxonomie du groupe E. granulosus sensu lato. Lutter contre l'échinococcose kystique requiert de connaître au mieux les variants de ce groupe, leur statut, leurs hôtes, leurs modes de circulation et de transmission à l'homme. Le principal objectif de ce travail de recherche était donc de définir une approche permettant à la fois d'identifier des variants que nous pourrions suivre à différentes échelles géographiques et discuter la taxonomie du parasite. Nous avons commencé par l'évaluation de différents outils de typage actuellement disponibles, grâce à l'étude de deux foyers fortement endémiques. Bien qu'elle nous ait donné la possibilité de discuter le statut taxonomique des souches identifiées, cette évaluation montra l'insuffisance du polymorphisme des marqueurs mitochondriaux et nucléaires communément utilisés. Par conséquent, nous nous sommes intéressés à des marqueurs potentiellement plus variables, les microsatellites. Parmi ceux testés, le microsatellite multilocus EmsB identifia un grand nombre de variants, différents modes de circulation mais aussi, des échanges génétiques. Combinés avec les marqueurs de référence, EmsB peut donc s'avérer très utile pour l'étude du développement spatial et temporel des variants E. granulosus sensu lato et de leur taxonomie. Elaborer une carte de distribution détaillée et une nomenclature pertinente de ces variants permettraient d'améliorer le ciblage des campagnes de lutte contre l'échinococcose kystique.
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