A la fin des années 1980 a émergé l’hypothèse hygiéniste selon laquelle le contact précoce des enfants avec des allergènes de l’environnement leur confère une protection contre l’asthme et les maladies allergiques. Les nombreuses études menées depuis ont montré une tendance à développer moins de symptômes allergiques ou asthmatiques chez les enfants vivant en contact avec les étables et les animaux de la ferme et buvant du lait cru. Des prélèvements d’origine diverse provenant des fermes ont été analysés dans le cadre de deux études distinctes, une régionale (AgriSanté) et une européenne (GABRIEL). Ces deux études démontrent que l’environnement dans les fermes est complexe et très varié, et ce dans l’ensemble des compartiments analysés. Le prélèvement de poussière sédimentée sur une lingette électrostatique est apparu comme étant le plus reproductible et le plus représentatif d’une exposition durable de l’enfant. L’analyse en parallèle de l’état de santé des habitants tel qu’il apparaît dans les questionnaires de l’étude GABRIEL et des micro-organismes détectés dans leur environnement par la technique des lingettes électrostatiques a montré que la présence de certains taxa fongiques et/ou bactériens est associé à un moindre risque d’asthme, et/ou à un moindre risque d’atopie. En conclusion, ces deux études ont mis en évidence certaines voies de contaminations de l’air des étables et des chambres de fermes, ainsi que certaines voies de contamination du lait en fin de traite, tel qu’il est consommé par certains enfants d’agriculteurs. Ce travail fort des résultats qu’il apporte, est un premier pas dans une nouvelle approche de la lutte contre les maladies respiratoires.