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Université de Franche-Comté
/ 09-12-2009
Besson Benoit
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Le projet Sensibilité radioécologique de l'institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN) a pour but de caractériser et hiérarchiser les paramètres qui ont un effet significatif sur le transfert des contaminants radioactifs dans l environnement. L'objectif de ce travail de thèse, focalise sur les zones de prairies permanentes, est d'analyser les variations des activités de cieux radionucléides artificiels dans la chaîne ailant du sol aux produits fromagers et de hiérarchiser les paramètres écologiques anthropiques qui déterminent la sensibilité des zones étudiées. Cette étude est réalisée grâce à des prélèvements in situ dans 15 exploitations situées dans trois régions (Charente, Puy-de-Dôme et Jura). Les cartographies des sols des parcelles pâturées sont effectuées afin de choisir les sites de prélèvement les plus représentatifs. Des données géographiques, pédologiques, floristiques et relatives aux principales pratiques agricoles et fromagères sont alors acquises, en complément des mesures radiologiques.[ ] Une méthode non-linéaire basée sur la discrétisation du coefficient de transfert puis par des tests de comparaison multiple permet de hiérarchiser tes facteurs de sensibilité du sol à la végétation prairiale. Il apparait que 20 facteurs interviennent dans le transfert à la végétation, comme le taux d'argile des sols ainsi qu'un marqueur des particules de sol adhérées sur la végétation. Les transferts de 137Cs dans le lait sont dépendants du taux d'argile présent dans l échantillon de végétation et la nourriture du bétail.
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Université de Franche-Comté
/ 07-12-2009
Briot Marc
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Depuis 2001, les produits forestiers peuvent, au même titre qu'un produit alimentaire, prétendre à une reconnaissance en Appellation d'Origine Contrôlée (AOC). Comme le laissait supposer les études de notoriété des bois résineux du massif du Jura, les premières études sur leur résistance mécanique les classent parmi les meilleurs bois d'Europe. Cette étude a permis de déterminer les critères écologiques déterminant les spécificités des bois du Jura afin de permettre aux gestionnaires d'appuyer la future délimitation de l'AOC sur des éléments objectifs. La démarche scientifique s'appuie sur les études antérieures de caractérisation des terroirs viticoles (Vaudour, 2002) et fromagers (Monnet, 1996). Les critères écologiques pris en compte sont principalement les données climatiques et pédologiques. Un protocole de cartographie des sols forestiers du massif jurassien a été défini de façon stratifié et hiérarchisé. Il est basé sur la variabilité des compartiments géologiques et la topographie (unité "géo-topographique"). Le massif a été découpé en quatre zones de référence à l'intérieur desquelles un échantillonnage a été réalisé pour décrire la diversité et l'abondance des sols dans chaque unité géo-topographique aboutissant à 13 unités complexes de sols (UCS). La description morphologique des sols a été réalisée pour évaluer leurs propriétés édaphiques, à l'aide d'un indice synthétique (CE RU). Sur la base de ces données, 27 stations représentatives ont été sélectionnées pour leur variabilité des conditions locales sur l'ensemble du massif pour préciser les relations entre les conditions stationnelles et les caractéristiques du peuplement sylvicole. Sur chaque station, une étude détaillée du sol est réalisée (description du profil, pierrosité, carte systématique de la profondeur). Les arbres sont mesurés et localisés avec précision à l'intérieur de la station. Les mesures dendrométriques ont été complétées par des mesures ultrasonores de qualité mécanique du bois. Les résultats ont montré qu'il existe une influence significative de la richesse nutritive de la station et de la réserve utile individuelle sur la densité du bois de résineux du massif. Les arbres présentent une densité plus importante lorsqu'ils sont localisés sur des stations au pH.au élevé et ayant accès à un volume de sol lr'f1portant. La répartition géographique des stations d'étude a permis de montrer qu'il n'existait pas d'effet de l'altitude. A conditions pédologiques voisines, il n'y aura pas de différence entre deux stations à des altitudes différentes. L'ensemble des conditions écologiques est homogène à l'échelle du massif du Jura, malgré une variabilité qui peut s'avérer importante à une échelle locale. Cette étude a également confirmé que les sapins et les épicéas du massif étaient des arbres d'une grande qualité selon une variabilité relativement faible. De part son contexte (précipitations importantes, roche calcaire, gamme d'altitude moyenne, pentes variées et sols brunifiés), le terroir jurassien est original. Au-delà du zonage AOC "Bois du Jura", ces données apportent des informations nouvelles sur les relations propriétés des sols et les roches et sur la dimension spatiale des relations sol-arbre.
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Université de Franche-Comté
/ 30-11-2009
Vaniscotte Amélie
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Cette thèse porte sur l'écologie de la transmission d'Echinococcus multilocularis, un parasite (cestode) dont le stade larvaire, transmis des faeces de canidés (hôte définitif) aux micro-mammifères (hôtes intermédiaires), peut engendrer accidentellement une zoonose mortelle chez l'homme: l'échinococcose alvéolaire. En Chine, où sont observées les plus fortes prévalences humaines au monde, des recherches multidisciplinaires ont mises en évidence des perturbations anthropiques des écosystèmes génératrices de risque de transmission du parasite. Nous nous sommes intéressé à quantifier, spatialiser voire prédire certains des facteurs écologiques qui influencent la transmission du parasite dans différents sites endémiques de la province du Sichuan (Chine), à savoir: i) les distributions spatiales des assemblages de micro-mammifères et ii) les comportements des chiens domestiques intervenant dans la transmission. Suite à une définition quantitative et objective des assemblages de micro-mammifères à partir de données de piégeages collectées dans 2 sites d'études, nous avons modélisé les distributions spatiales de leurs habitats en fonction de facteurs environnementaux issus de données satellitales et en utilisant différentes techniques de modélisation. Les régressions non linéaires multiples (MARS) discriminaient le plus précisément les assemblages le long des gradients d'altitude, de pente, de la bande ETM 7 et d'indices de végétation (NDVI et EVI). Cependant, les modèles développés localement n'étaient pas transférables sur un jeu de données distant d'une centaine de km. Un modèle de classification entraîné sur les données des deux sites d'étude apparaît être une méthode plus appropriée pour prédire les distributions régionales des assemblages. Les comportements de défécation et l'utilisation de l'espace des chiens domestiques ont été étudiés dans 4 villages du plateau tibétain. L'estimation des prévalences fécales par PCR montre le rôle prédominant du chien sur le renard dans la contamination de l'environnement des hommes. Les faeces et la contamination étaient agrégées autour des habitations humaines (entre 0 à 200 m) où le risque de transmission serait levé. L'analyse des trajectoires nocturnes montre que les chiens passent la majorité de leur temps autour des habitations et peuvent réaliser des excursions à l'extérieur des aires d'activité des populations de chiens des villages, correspondant aux habitats où les indices de présence de micro-mammifères sont les plus fréquents. . Notre analyse par des outils statistiques et d'écologie spatiale a permis l'estimation et la modélisation de paramètres écologiques utiles pour comprendre et prévenir le risque de transmission et incorporables dans des modèles épidémiologiques. Les erreurs de prédictions ainsi que les limites de nos conclusions encouragent la recherche d'une meilleure adéquation entre la collecte de données co-épidémiologique et la diversité des outils d'analyse disponibles.
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Université de Franche-Comté
/ 30-11-2009
Boyer Cécile
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: Ce travail de thèse a concerné l'étude des phénomènes d'absorption et d'incorporation sous forme organique du tritium dans un végétal de consommation courante, la laitue (Lactuca sativa L.), en réponse à une exposition atmosphérique. Il apparaît que la voie foliaire joue un rôle primordial dans l'absorption du tritium au sein de l'eau tissulaire des plants. Quels que soient le stade de développement des plants et les conditions d'éclairement, le temps nécessaire pour atteindre l'équilibre des concentrations dans l'eau libre et dans la vapeur d'eau de l'air est de plusieurs heures; le rapport des concentrations est alors de l'ordre de 0,4. Dans le sol, le temps de mise à l'équilibre dépasse généralement 24 heures; le rapport des concentrations à l'état stationnaire est compris entre 0,01 et 0,26. Le taux d'incorporation du tritium de l'eau tissulaire sous forme organique est de l'ordre de 0,13 à 0,16 % h-l en moyenne sur la durée de vie entière de la plante. Cependant, l'incorporation de l'OBT dépend fortement du stade de développement du végétal. La période de plus forte intégration du tritium sous forme organique correspond à la phase de croissance exponentielle des végétaux. Le dépôt et la diffusion du tritium dans le sol entrainent des activités significatives dans la fraction organique du sol. Les résultats obtenus vont globalement dans le sens d'une mise à l'équilibre des concentrations du tritium dans le végétal (eau libre et tritium organique) avec celles de l'environnement (atmosphère, sol). Certaines expériences ont néanmoins révélé des activités OBT anormalement élevées dans les laitues au regard des niveaux d'exposition et posent la question d'un possible phénomène d'accumulation locale du tritium dans la matière organique pour des conditions particulières d'exposition.
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Université de Franche-Comté
/ 23-10-2009
Bompangue Nkoko Didier
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Le choléra est une maladie diarrhéique contagieuse strictement humaine, causée
par Vibrio cholerae, un bacille gram négatif. La maladie se traduit par une diarrhée
aqueuse profuse parfois accompagnée de vomissements survenant quelques heures à quelques jours après l’ingestion d’eau ou d’aliments souillés par V. cholerae. Dans l’environnement, V. cholerae est retrouvé dans les eaux saumâtres des zones d’estuaire où il colonise la surface de certaines algues et de copépodes, pouvant ainsi persister en l’absence de l’homme pendant des périodes de temps prolongées. C’est le cas dans les zones estuariennes d’Asie du Sud-Est telle que la région du golfe du Bengale, où la maladie est connue depuis la plus haute antiquité. Après avoir été relativement épargnée par les six premières pandémies, l’Afrique continentale a été frappée par la 7ème pandémie en 1970. Depuis cette date, selon l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), plus de 90 % des cas de choléra sont rapportés par l’Afrique sub-saharienne. La République Démocratique du Congo (RDC) fait partie des pays les plus touchés. En RDC, de 2000 à 2008, 208 875 cas et 7 335 décès (létalité de 3,51%) dus au choléra ont été notifiés à l’OMS, soit 15 % des cas et 20 % des décès rapportés dans le monde pour la même période. Ces cas de choléra touchent essentiellement les provinces de l’est de la RDC, situées dans la région des grands lacs. Après plus de trente ans de lutte contre le choléra en RDC, une étude épidémiologique de la dynamique du choléra a été initiée dans ce pays dans le but de comprendre les facteurs de récurrence épidémique et de proposer des ajustements sur les approches opérationnelles. Les principaux résultats de ce travail de recherche ont permis de mettre en évidence qu’à peine 10 % des zones de santé, toutes situées à proximité des lacs de l’est de la RDC, jouent le rôle de zones sanctuaires pour le choléra . Ces résultats ont également permis de mettre en évidence la saisonnalité du choléra, avec moins de cas en saison sèche, et le rôle spécifique des populations de pêcheurs, de commerçants et de mineurs artisanaux dans l’émergence et la diffusion des épidémies de choléra. Il a également été démontré que le choléra n’est pas endémique dans toutes les régions de l’est de la RDC. Le fonctionnement du choléra dans cette région d’Afrique est globalement instable avec des flambées épidémiques suivies de phases d’extinction relativement prolongées, les flambées épidémiques se produisant selon un mode métastable lorsqu’on considère l’Est de la RDC dans son ensemble. Cependant, il a aussi été montré que certains foyers fonctionnant jusque-là sur un mode métastable sont, depuis quelques années, passés à un fonctionnement endémique. C’est le cas des foyers de Kalemie et de Goma. Sur la base de ces résultats, il a été recommandé la mise en place d’un projet de lutte contre le choléra avec pour objectif d’éliminer cette maladie de l’ensemble de la
RDC. Ce plan vise à concentrer les efforts de lutte sur les sept foyers sanctuaires identifiés en privilégiant les apports en eau potable parmi l’éventail des moyens de lutte existant. Lorsque les premières actions ont été mises en oeuvre sur le site pilote de Kalemie, nous avons constaté une diminution importante de l’incidence du choléra, tandis que les examens microbiologiques ont confirmé que les quelques cas de diarrhée encore rapportés à Kalemie n’étaient plus dus à V. cholerae mais à d’autres bactéries. L’épidémiologie du choléra telle que nous l’observons dans la région des Grands Lacs africains est différente de celle décrite en zone estuarienne d’Asie du Sud-Est. Même si plusieurs questionnements subsistent concernant les modes de persistance du choléra dans les zones lacustres ou la pérennité du V. cholerae dans les eaux des lacs, les résultats de ce travail sont porteurs d’un nouvel espoir pour la relance de la lutte contre cette maladie négligée.
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Université de Franche-Comté
/ 02-09-2009
Maillard Stéphane
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L'échinococcose kystique est une zoonose helminthique qui demeure encore à l'heure actuelle, un véritable problème de santé sanitaire et socioéconomique pour de nombreuses régions pastorales dans le monde. Son agent étiologique, le cestode Echinococcus granulosus sensu lato, est présent sur tous les continents et implique de nombreuses espèces animales dans son cycle biologique. Ce parasite présente une forte hétérogénéité, notamment génétique, si bien que plusieurs souches ont progressivement été définies. Toutefois, depuis quelques années, les études menées sur ces souches ont montré la nécessité de réviser la taxonomie du groupe E. granulosus sensu lato. Lutter contre l'échinococcose kystique requiert de connaître au mieux les variants de ce groupe, leur statut, leurs hôtes, leurs modes de circulation et de transmission à l'homme. Le principal objectif de ce travail de recherche était donc de définir une approche permettant à la fois d'identifier des variants que nous pourrions suivre à différentes échelles géographiques et discuter la taxonomie du parasite. Nous avons commencé par l'évaluation de différents outils de typage actuellement disponibles, grâce à l'étude de deux foyers fortement endémiques. Bien qu'elle nous ait donné la possibilité de discuter le statut taxonomique des souches identifiées, cette évaluation montra l'insuffisance du polymorphisme des marqueurs mitochondriaux et nucléaires communément utilisés. Par conséquent, nous nous sommes intéressés à des marqueurs potentiellement plus variables, les microsatellites. Parmi ceux testés, le microsatellite multilocus EmsB identifia un grand nombre de variants, différents modes de circulation mais aussi, des échanges génétiques. Combinés avec les marqueurs de référence, EmsB peut donc s'avérer très utile pour l'étude du développement spatial et temporel des variants E. granulosus sensu lato et de leur taxonomie. Elaborer une carte de distribution détaillée et une nomenclature pertinente de ces variants permettraient d'améliorer le ciblage des campagnes de lutte contre l'échinococcose kystique.
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Université de Franche-Comté, Université de Sfax (Tunisie)
/ 05-03-2009
Drira Zaher
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Dans la première partie de ce travail, le candidat a présenté au premier chapitre le site d'étude et la mise au point des différents protocoles expérimentaux nécessaires à l'estimation des paramètres biotiques (phytoplancton et zooplancton). Les protocoles des mesures des différents paramètres abiotiques (température, densité, salinité, quantité d'oxygène dissout, matières en suspension, et sels nutritifs) sont également présentés. En effet, le suivi des paramètres physico-chimiques et leurs relations avec les facteurs biotiques est nécessaire pour caractériser le statut trophique des eaux du golfe de Gabès. Dans le deuxième chapitre, on a mis en évidence le changement à l'échelle spatiale durant une campagne estivale effectuée au mois de Juillet 2005 et à l'échelle spatio-temporelle de la dynamique des communautés phytoplanctoniques et zooplanctoniques durant quatre campagnes d'échantillonnages réalisées dans différentes périodes de l'année (Juillet 2005, Mai-Juin 2006, Septembre 2006 et Mars 2007) en relation avec les conditions hydrologiques. Les changements relatifs à la qualité de l'eau au niveau de la côte sont strictement influencés par les apports terrigènes dus aux activités industrielles et anthropiques dans le golfe de Gabès, alors que le courant Atlantique qui arrive dans cette région est le principal facteur affectant ainsi la structuration et l'organisation du phytoplancton et du zooplancton dans les régions océaniques. Ainsi, le golfe de Gabès est caractérisé par une stratification estivale affectant le développement du phytoplancton et du zooplancton. il est caractérisé par la coexistence des masses d'eaux différentes à savoir Méditerranéenne et Atlantique modifiées (MA W) qui pourraient être des facteurs déterminant la structuration et la distribution du phytoplancton et du zooplancton sur toute la colonne d'eau. La répartition spatiale a montré que la structure des communautés phytoplanctoniques et zooplanctoniques dans le golfe de Gabès est organisée suivant un gradient côte-large. En effet, l'étude du phytoplancton dans le golfe de Gabès est très complexe suite à l'interaction de divers facteurs (mouvements hydrologiques, interférences urbaines, trafic maritime...) et sa compréhension nécessite des études à long terme. Pour le moment, l'étudiant a suggéré que l'enrichissement des zones côtières en éléments nutritifs peut avoir comme origine, l'activité urbaine et industrielle constituant les éléments essentiels dans le contrôle de l'eutrophisation côtière au niveau du golfe de Gabès. En fait, l'étude de la répartition spatiale du phytoplancton a montré que la classe phytoplanctonique des dinoflagellés, y compris les espèces toxiques, non toxiques et les kystes, sont des composantes importantes de la communauté phytoplanctonique dans le Golfe de Gabès. La présence des espèces toxiques fait l'objet d'un grand projet de recherche vu que leur présence peut induire des effets nocifs pour la santé humaine. En plus, une abondance excessive de l'espèce toxique Karenia selliformis près de l'île de Djerba, revêt une importance socio-économique. L'azote présent d'une façon excessive est dérivé principalement des engrais, des déchets des animaux et de la combustion des carburants. L'île de Djerba constitue un lieu stratégique dans le golfe de Gabès, marquée par une importante richesse phytoplanctonique (kystes de dinoflagellés). L'étude des variations spatio-temporelles du phytoplancton montre la relation étroite qui existe entre les structures hydrographiques (à partir des conditions de mélange à la stratification complète) au niveau du golfe de Gabès. En ce qui concerne le zooplancton, le candidat a montré que les copépodes sont les plus abondants et représentent entre 69 et 83 % du zooplancton total dans le golfe de Gabès. La densité des copépodes augmente graduellement avec l'augmentation de la température moyenne de l'eau, et ceci à partir de l'apparition de la thermocline (Mai-Juin 2006) jusqu'à son établissement complet caractérisant ainsi la période estivale (Juillet 2005 et Septembre 2006). Quand la colonne d'eau est bien mélangée (Mars 2007) on note une diminution de l'abondance des copépodes. Aussi, ces derniers sont caractérisés par la dominance des cyclopoïdes représentés par l'espèce Oithona nana. Contrairement au zooplancton dont la plus forte abondance est observée pendant la période de haute stratification, le phytoplancton prolifère intensivement pendant les conditions de semi-mélanges. En plus, les teneurs en chlorophylle a (phytoplancton), montrent une distribution inversement proportionnelle à celle des copépodes témoignant la relation trophique de broutage entre les copépodes et le phytoplancton.
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Université de Franche-Comté
/ 29-01-2009
Ouriachi Marie-Jeanne
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Cette étude porte sur une portion du territoire de la cité de Nîmes durant l Antiquité. L espace considéré, de Montpellier et Lattes à l ouest, au Vidourle à l est en englobant les communes qui jouxtent la rive gauche du fleuve , du littoral au sud à Combas et Montpezat, dans la garrigue , au nord, affiche une grande diversité en terme de milieux géographiques. Il présente également la particularité d avoir fait l objet de recherches archéologiques de grande envergure, fouilles conduites sur les agglomérations protohistoriques et/ou antiques, investigations portant sur des petits établissements, annexes agricoles ou petites fermes, fouilles de structures agraires, programmes de prospections systématiques. Il en résulte une richesse archéologique exceptionnelle, que vient compléter un corpus épigraphique comportant quelques 95 inscriptions exploitables. Cette documentation est présentée dans une première partie consacrée à une rapide généalogie de la recherche, afin de mettre en évidence l hétérogénéité des conditions d acquisition des données ; dans un second temps, c est à une analyse critique des deux corpus que nous nous sommes livrée, de manière à en établir à la fois les qualités et les limites. Parce que notre objectif est de cerner les dynamiques qui affectent le peuplement de cet espace durant l Antiquité, et parce que notre documentation nous le permet, nous avons choisi d aborder ce problème sous deux angles complémentaires : celui des hommes, et celui des lieux. Il nous a paru d abord intéressant de faire porter notre attention sur les acteurs de cette histoire, en dégageant des données épigraphiques des indications concernant le statut et la nomenclature, mais aussi la pratique religieuse de la population afin de tenter d évaluer le degré d intégration des population dans le cadre d une cité de droit latin : la question a été posée d un point de vue temporel et spatial, afin de voir si l ensemble des points de l espace considéré s inscrivent dans la même dynamique. Nous avons également posé la question à partir des données se rapportant à l implantation des grandes familles, notamment celles basées dans le chef-lieu de cité, afin de voir comment ces entités s approprient et font vivre l espace de la cité. Cette approche a toutefois due être circonscrite au Haut-Empire, les bornes chronologiques étant imposées par la documentation épigraphique. La question du peuplement a ensuite été abordée du point de vue des lieux occupés par les hommes. Nous avons dans un premier temps posé le problème des phases de création des habitats : cette analyse nous a permis de confirmer l importance, déjà évoquée par les auteurs du programme Archaeomedes, du milieu du Ier siècle dans la mise en valeur des régions de plaine et du littoral, délaissées au cours du 2nd Age du Fer. Notre enquête a porté, dans un second temps, sur l ensemble des établissements : ceux-ci ont fait l objet d une classification permettant d élaborer une typologie, fondée sur leurs caractéristiques matérielles et temporelles. Enfin, pour mettre en oeuvre une approche en terme de réseaux d établissements, nous avons construit un indice de centralité, élaboré à partir des fonctions économiques et symboliques représentées dans les différents lieux habités : cet indice nous a permis d établir une hiérarchie fonctionnelle des établissements et de construire des réseaux à partir d un modèle gravitaire élémentaire. Nous avons alors tenté de montrer comment ces réseaux s organisent et organisent l espace, en mettant en évidence des différences entre Lez et Vidourle, mais aussi entre zones basses et collines. Dans ce cadre de réflexion, nous avons reposé le problème de l influence de Nîmes, située hors zone d étude. Cette approche appliquée à plusieurs moments clés, 100 avant notre ère, 100, 300 et 500 de notre ère, a débouché sur la mise en évidence de phases d évolutions dans le système de peuplement entre la fin de la protohistoire et le haut Moyen Age. Quel que soit le vecteur choisi pour appréhender le peuplement, qu il s agisse des hommes ou des lieux, il apparaît que les changements n affectent pas de manière uniforme l ensemble de la population ou la totalité de l espace. Cette étude confirme le fait que la romanisation se présente comme un processus complexe, en raison de la multiplicité des facteurs en jeu.
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Université de Franche-Comté
/ 28-11-2008
Thivet Matthieu
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L’agglomération de Mandeure-Mathay (Epomanduodurum) constitue la seconde ville de Séquanie, derrière la capitale de cité Besançon-Vesontio, par sa taille, son équipement urbain, sa panoplie monumentale et ses fonctions. Elle st implémentée dans la vallée du Doubs, au débouché de la plaine d’Alsace (« Porte de Bourgogne », dans une zone de passage entre les Vosges et le Jura permettant notamment la communication entre le sillon rhodanien et la plaine du Rhin. Les premières recherches « organisées » sur le site remontent à la fin du XVIIIe siècle, mais c’est au début du XIXe siècle que les édifices majeurs tels que le théâtre (1820) et le sanctuaire (1880) de l’agglomération antique furent découverts. La démarche prospective, initiée à partir de 2003 par ce travail de doctorat, visait à rassembler dans le SIG ArcGIS d’ESRIc, l’ensemble des informations spatialisées fournies par les sources documentaires.
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Université de Franche-Comté
/ 09-07-2008
Knapp Jenny
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Echinococcus multilocularis est un parasite nécessitant pour survivre un passage successif entre les carnivores, comme le renard et les micro-mammifères. Le parasite est responsable chez l’homme de l’Echinococcose alvéolaire, une maladie mortelle si elle n’est pas prise en charge. Uniquement décrit dans l’hémisphère nord (Chine, Japon, Europe et Amérique du Nord), la distribution spatiale du parasite semble connaître une évolution récente, notamment en Europe, où l’Arc alpin est décrit comme le foyer historique d’E. multilocularis dans cette région. Le génotypage a été choisi pour étudier la diffusion du parasite en Europe. Cependant, le manque d’outils de détection du polymorphisme du parasite nécessitait la recherche et la caractérisation de marqueurs possédant un haut pouvoir discriminant. Après caractérisation et validation de la cible EmsB multilocus répétée en tandem, la diversité génétique du parasite en Europe a été étudiée à différentes échelles spatiales d’analyse. A l’échelle micro-locale (rongeurs parasités d’une même pâture), les isolats présentaient une faible diversité génétique entre eux, évoquant une contamination des rongeurs par une même source infectieuse (e.g. les fèces d’un même renard parasité). A l’échelle locale (900 km²), 140 parasites de 25 renards ont été étudiés. Les parasites présentaient une diversité génétique permettant de distinguer 6 profils EmsB. La présence simultanée de différents profils chez le renard a été décrite de manière fréquente, évoquant des infestations répétées des renards. Un faible taux d’hétérozygotie a été trouvé chez le parasite, ce qui pourrait être expliqué par un mode de reproduction principalement clonal. A l’échelle continentale (9 sous-régions européennes de la zone endémique historique et de la périphérie de celle-ci) la diversité génétique et la structure spatiale du polymorphisme ont été étudiées à partir de 653 isolats (596 vers adultes isolés de 129 renards, 57 lésions opérés chez des patients et des animaux vivant en captivité). Une grande diversité génétique a été observée en Europe, avec la description de 54 profils EmsB. Des profils transversaux ont été trouvés de part et d’autre de la zone d’étude alors que d’autres plus endémiques étaient limités spatialement. L’étude de la composition génétique au sein des sous-régions européennes a permis de mettre en évidence une plus grande diversité génétique dans le foyer historique par rapport à sa zone périphérique, où quelques profils représentaient la majorité des parasites. Cette distribution évoque une dispersion du parasite à partir de la zone centrale vers la zone périphérique dans un système de transmission « continent-île ». Chez l’homme et l’animal en captivité des profils EmsB décrits comme endémiques ont été trouvés sur plusieurs années, montrant une contamination de manière locale par une même souche. Cette étude constitue la première application d’un marqueur microsatellite multilocus pour l’étude de la circulation d’un helminthe à l’échelle continentale.
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