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Université de Franche-Comté
/ 17-09-2010
Souquiere François
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La méchanique des séismes dans la croûte continentale : apports de l’analyse structurale des pseudotachylytes et des cataclasites
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Université de Franche-Comté
/ 02-07-2007
Boutareaud Sébastien
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Cette thèse vise à étudier les propriétés thermo-poro-mécaniques de roches de faille, à partir de l’analyse structurale et microstructurale d’une faille aujourd’hui à l’affleurement et à partir d’expériences menées en laboratoire, en vue de déterminer les processus qui contrôlent l'efficacité de deux mécanismes responsables de d’affaiblissement cosismiques : la pressurisation thermique et le mécanisme d’affaiblissement par drainage. L'étude de terrain a été conduite sur deux affleurements appartenant à une faille décrochante potentiellement active appartenant au système de failles du Chugoku occidental (Japon) : la faille d’Usukidani. Le travail expérimental a quant à lui été mené dans le laboratoire de déformation des roches de l'Université de Kyoto. Les résultats majeurs de ce travail sont exposés ci- dessous.
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Université de Franche-Comté
/ 07-12-2009
Briot Marc
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Depuis 2001, les produits forestiers peuvent, au même titre qu'un produit alimentaire, prétendre à une reconnaissance en Appellation d'Origine Contrôlée (AOC). Comme le laissait supposer les études de notoriété des bois résineux du massif du Jura, les premières études sur leur résistance mécanique les classent parmi les meilleurs bois d'Europe. Cette étude a permis de déterminer les critères écologiques déterminant les spécificités des bois du Jura afin de permettre aux gestionnaires d'appuyer la future délimitation de l'AOC sur des éléments objectifs. La démarche scientifique s'appuie sur les études antérieures de caractérisation des terroirs viticoles (Vaudour, 2002) et fromagers (Monnet, 1996). Les critères écologiques pris en compte sont principalement les données climatiques et pédologiques. Un protocole de cartographie des sols forestiers du massif jurassien a été défini de façon stratifié et hiérarchisé. Il est basé sur la variabilité des compartiments géologiques et la topographie (unité "géo-topographique"). Le massif a été découpé en quatre zones de référence à l'intérieur desquelles un échantillonnage a été réalisé pour décrire la diversité et l'abondance des sols dans chaque unité géo-topographique aboutissant à 13 unités complexes de sols (UCS). La description morphologique des sols a été réalisée pour évaluer leurs propriétés édaphiques, à l'aide d'un indice synthétique (CE RU). Sur la base de ces données, 27 stations représentatives ont été sélectionnées pour leur variabilité des conditions locales sur l'ensemble du massif pour préciser les relations entre les conditions stationnelles et les caractéristiques du peuplement sylvicole. Sur chaque station, une étude détaillée du sol est réalisée (description du profil, pierrosité, carte systématique de la profondeur). Les arbres sont mesurés et localisés avec précision à l'intérieur de la station. Les mesures dendrométriques ont été complétées par des mesures ultrasonores de qualité mécanique du bois. Les résultats ont montré qu'il existe une influence significative de la richesse nutritive de la station et de la réserve utile individuelle sur la densité du bois de résineux du massif. Les arbres présentent une densité plus importante lorsqu'ils sont localisés sur des stations au pH.au élevé et ayant accès à un volume de sol lr'f1portant. La répartition géographique des stations d'étude a permis de montrer qu'il n'existait pas d'effet de l'altitude. A conditions pédologiques voisines, il n'y aura pas de différence entre deux stations à des altitudes différentes. L'ensemble des conditions écologiques est homogène à l'échelle du massif du Jura, malgré une variabilité qui peut s'avérer importante à une échelle locale. Cette étude a également confirmé que les sapins et les épicéas du massif étaient des arbres d'une grande qualité selon une variabilité relativement faible. De part son contexte (précipitations importantes, roche calcaire, gamme d'altitude moyenne, pentes variées et sols brunifiés), le terroir jurassien est original. Au-delà du zonage AOC "Bois du Jura", ces données apportent des informations nouvelles sur les relations propriétés des sols et les roches et sur la dimension spatiale des relations sol-arbre.
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Université de Franche-Comté
/ 26-11-2010
Cholley Pascal
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Pseudomonas aeruginosa s’est imposé connue un pathogène hospitalier très important du fait du nombre et de la gravité des infections causées. L'objectif de cette thèse était de décrire l'épidémiologie hospitalière de P. aeruginosa, notamment celle des souches multi-résistantes en utilisant divers outils de biologie moléculaire. La première partie de cette thèse est consacrée à un tour d’horizon bibliographique. La seconde partie décrit les différentes techniques utilisées et la troisième partie rassemble les différents travaux réalisés. Le génotypage par électrophorèse en champ pulsé nous a permis d’évaluer le rôle de
1'environnement inerte dans l’épidémiologie de P. aeruginosa en réanimation puis la transmission croisée comme vecteur diffusion des souches multi-résistantes aux antibiotiques. Le typage par MultiLocus Sequence Typing d’un large panel de souches multi- résistantes isolées sur l’ensemble de l'inter-région montre qu’il existe des clones épidémiques internationaux qui ont la capacité d’accumuler les mécanismes de résistance et de diffuser dans les hôpitaux. L'hypothèse d’une population panmictique pour cette bactérie est remise en
Cause par la sous-population P. aeruginosa multi-résistants hospitaliers. L’épidémiologie moléculaire est indispensable pour caractériser ces souches et définir des stratégies de contrôle. Notre travail suggère que ces stratégies de contrôle doivent associer à une politique de moindre usage des antibiotiques une prévention de la transmission croisée associant dépistage et mesures d’hygiène. Le contrôle de la multi-résistance bactérienne représente un défi d’aujourd’hui et de demain pour les différents acteurs de santé.
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Université de Franche-Comté
/ 15-12-2009
Sudre Bertrand
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L'augmentation de la fréquence des pathologies allergiques est un problème de santé publique. Les études portant sur les enfants étant issus de l'environnement fermier ont démontré des prévalences faibles de maladies allergiques, cependant les facteurs protecteurs environnementaux n'ont pas tous été identifiés. Nous présentons les résultats microbiologiques et palynologiques du bioaérosol en milieu agricole (composition et variation), et principalement ceux de l'étude PASTUREmicrobio rassemblant des fermes et des logements (fermiers et ruraux) de la cohorte de naissance européenne PASTURE. La contamination en hiver des étables est de l'ordre de 10 exposant 4 UFC/m3 pour les bactéries cultivables, de [10 exposant 4 - 10 exposant 5] grains/m3 de pollens de graminées, de [10 exposant 4 - 10 exposant 5] UFC/m3 pour les actinomycètes et de [10 exposant 5 - 10 exposant 6] spores-UFC/m3 pour les spores et les micro-organismes fongiques. Les facteurs significativement associés à cette contamination sont la saison et la distribution d'alimentation au bétail. La fréquentation de l'étable expose à de fortes concentrations polliniques après distribution de foins, dépassant les valeurs mesurées à l'extérieur en saison estivale. La contamination des chambres d'enfants fermiers est influencée par celle de l'étable, plus diversifiée et significativement plus élevée en hiver par rapport aux chambres d'enfants ruraux. Il existe une exposition différentielle entre enfants ruraux et fermiers au bioaérosol à l'étable et au domicile : exposition répétée et perannuelle aux pollens de graminées à l'étable accompagnée d'une importante co-exposition microbienne bactérienne et fongique. Ces caractéristiques sont des facteurs potentiels pour expliquer la protection du milieu fermier vis à vis des maladies allergiques.
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Université de Franche-Comté
/ 09-07-2008
Knapp Jenny
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Echinococcus multilocularis est un parasite nécessitant pour survivre un passage successif entre les carnivores, comme le renard et les micro-mammifères. Le parasite est responsable chez l’homme de l’Echinococcose alvéolaire, une maladie mortelle si elle n’est pas prise en charge. Uniquement décrit dans l’hémisphère nord (Chine, Japon, Europe et Amérique du Nord), la distribution spatiale du parasite semble connaître une évolution récente, notamment en Europe, où l’Arc alpin est décrit comme le foyer historique d’E. multilocularis dans cette région. Le génotypage a été choisi pour étudier la diffusion du parasite en Europe. Cependant, le manque d’outils de détection du polymorphisme du parasite nécessitait la recherche et la caractérisation de marqueurs possédant un haut pouvoir discriminant. Après caractérisation et validation de la cible EmsB multilocus répétée en tandem, la diversité génétique du parasite en Europe a été étudiée à différentes échelles spatiales d’analyse. A l’échelle micro-locale (rongeurs parasités d’une même pâture), les isolats présentaient une faible diversité génétique entre eux, évoquant une contamination des rongeurs par une même source infectieuse (e.g. les fèces d’un même renard parasité). A l’échelle locale (900 km²), 140 parasites de 25 renards ont été étudiés. Les parasites présentaient une diversité génétique permettant de distinguer 6 profils EmsB. La présence simultanée de différents profils chez le renard a été décrite de manière fréquente, évoquant des infestations répétées des renards. Un faible taux d’hétérozygotie a été trouvé chez le parasite, ce qui pourrait être expliqué par un mode de reproduction principalement clonal. A l’échelle continentale (9 sous-régions européennes de la zone endémique historique et de la périphérie de celle-ci) la diversité génétique et la structure spatiale du polymorphisme ont été étudiées à partir de 653 isolats (596 vers adultes isolés de 129 renards, 57 lésions opérés chez des patients et des animaux vivant en captivité). Une grande diversité génétique a été observée en Europe, avec la description de 54 profils EmsB. Des profils transversaux ont été trouvés de part et d’autre de la zone d’étude alors que d’autres plus endémiques étaient limités spatialement. L’étude de la composition génétique au sein des sous-régions européennes a permis de mettre en évidence une plus grande diversité génétique dans le foyer historique par rapport à sa zone périphérique, où quelques profils représentaient la majorité des parasites. Cette distribution évoque une dispersion du parasite à partir de la zone centrale vers la zone périphérique dans un système de transmission « continent-île ». Chez l’homme et l’animal en captivité des profils EmsB décrits comme endémiques ont été trouvés sur plusieurs années, montrant une contamination de manière locale par une même souche. Cette étude constitue la première application d’un marqueur microsatellite multilocus pour l’étude de la circulation d’un helminthe à l’échelle continentale.
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Université de Franche-Comté
/ 09-12-2010
Brigand Robin
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Cette étude porte sur la dynamique des centuriations d’origine romaine de la plaine centrale de Venise, limitée par la lagune et les Alpes d’une part, les fleuves Brenta et Piave de l’autre. Il s’agit d’évaluer la nature des interactions entre les morphologies agraires héritées de l’arpentage romain et les sociétés historiques, médiévales et modernes, qui intègrent, en le transformant, l’héritage Antique. La compréhension des contraintes environnementales et de l’organisation des ressources en eau est essentielle : elle justifie de l’importance d’une démarche qui prend en compte, dans le cadre d’un Système d’Information Géographique (SIG), à la fois l’étude de la morphologie agraire et l’analyse géomorphologique. Ce travail est structuré en trois points. Le premier prétend à un rappel historiographique mais aussi à une présentation des méthodologies utilisées pour l’étude géographique des formes du paysage vénitien. Le second aborde les plaines alluviales du Brenta et du Piave du point de vue géomorphologique puis sous l’angle de l’étude morphologique des centuriations romaines. Enfin, le troisième propose, sous la forme d’une synthèse, les principaux résultats qui ouvrent sur l’appréhension des dynamiques médiévales et modernes. Ces dernières soulignent que, en Vénétie, la centuriation est avant tout un objet résilient qui doit sa visibilité aux contextes environnementaux originaux de la plaine centrale, mais surtout à la nature des formes de gestion des ressources hydriques durant le Moyen Age et l’époque moderne
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Université de Franche-Comté
/ 07-12-2007
Gimbert Frédéric
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Pour répondre aux interrogations sur le devenir et les conséquences environnementales des éléments traces métalliques (ETM), cette thèse vise à améliorer l’évaluation de la biodisponibilité, des transferts et des effets des ETM du sol en étudiant les cinétiques d’accumulation du cadmium (Cd), du plomb (Pb) et du zinc (Zn) chez l’escargot Helix aspera. Le suivi à long terme des concentrations internes offre une image des patterns d’accumulation et d’élimination de ces ETM. Le développement de modèles de toxicocinétiques permet d’obtenir pour la première fois au laboratoire et in situ une estimation des flux internes en ETM chez H. aspera. Les cinétiques contrastées entre Cd, Pb et Zn soulignent l’importance des caractéristiques intrinsèques des ETM et de l’organisme considéré. L’étude du fractionnement subcellulaire de ces ETM permet de comprendre la variabilité des patterns d’accumulation, de stratégies de dépuration et des effets toxiques induits sur la croissance et la reproduction de H. aspera. La séquestration interne des ETM et leur potentiel d’excrétion déterminent l’acquisition d’un état d’équilibre dont le niveau est modulé par l’assimilation, directement liée au comportement de l’ETM dans le sol. Cet état stationnaire, en reflétant l’équilibre entre l’absorption et l’excrétion, constitue un seuil entre biodisponibilités environnementale et toxicologique. Ainsi, le flux d’absorption peut être considéré comme un indicateur de la biodisponibilité des ETM et comme un élément prédictif d’effets sublétaux. Ces travaux devraient contribuer au développement d’une ligne directrice bioaccumulation qui fait encore défaut pour l’évaluation des risques en milieu terrestre.
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Université de Franche-Comté, Université de Sfax (Tunisie)
/ 05-03-2009
Drira Zaher
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Dans la première partie de ce travail, le candidat a présenté au premier chapitre le site d'étude et la mise au point des différents protocoles expérimentaux nécessaires à l'estimation des paramètres biotiques (phytoplancton et zooplancton). Les protocoles des mesures des différents paramètres abiotiques (température, densité, salinité, quantité d'oxygène dissout, matières en suspension, et sels nutritifs) sont également présentés. En effet, le suivi des paramètres physico-chimiques et leurs relations avec les facteurs biotiques est nécessaire pour caractériser le statut trophique des eaux du golfe de Gabès. Dans le deuxième chapitre, on a mis en évidence le changement à l'échelle spatiale durant une campagne estivale effectuée au mois de Juillet 2005 et à l'échelle spatio-temporelle de la dynamique des communautés phytoplanctoniques et zooplanctoniques durant quatre campagnes d'échantillonnages réalisées dans différentes périodes de l'année (Juillet 2005, Mai-Juin 2006, Septembre 2006 et Mars 2007) en relation avec les conditions hydrologiques. Les changements relatifs à la qualité de l'eau au niveau de la côte sont strictement influencés par les apports terrigènes dus aux activités industrielles et anthropiques dans le golfe de Gabès, alors que le courant Atlantique qui arrive dans cette région est le principal facteur affectant ainsi la structuration et l'organisation du phytoplancton et du zooplancton dans les régions océaniques. Ainsi, le golfe de Gabès est caractérisé par une stratification estivale affectant le développement du phytoplancton et du zooplancton. il est caractérisé par la coexistence des masses d'eaux différentes à savoir Méditerranéenne et Atlantique modifiées (MA W) qui pourraient être des facteurs déterminant la structuration et la distribution du phytoplancton et du zooplancton sur toute la colonne d'eau. La répartition spatiale a montré que la structure des communautés phytoplanctoniques et zooplanctoniques dans le golfe de Gabès est organisée suivant un gradient côte-large. En effet, l'étude du phytoplancton dans le golfe de Gabès est très complexe suite à l'interaction de divers facteurs (mouvements hydrologiques, interférences urbaines, trafic maritime...) et sa compréhension nécessite des études à long terme. Pour le moment, l'étudiant a suggéré que l'enrichissement des zones côtières en éléments nutritifs peut avoir comme origine, l'activité urbaine et industrielle constituant les éléments essentiels dans le contrôle de l'eutrophisation côtière au niveau du golfe de Gabès. En fait, l'étude de la répartition spatiale du phytoplancton a montré que la classe phytoplanctonique des dinoflagellés, y compris les espèces toxiques, non toxiques et les kystes, sont des composantes importantes de la communauté phytoplanctonique dans le Golfe de Gabès. La présence des espèces toxiques fait l'objet d'un grand projet de recherche vu que leur présence peut induire des effets nocifs pour la santé humaine. En plus, une abondance excessive de l'espèce toxique Karenia selliformis près de l'île de Djerba, revêt une importance socio-économique. L'azote présent d'une façon excessive est dérivé principalement des engrais, des déchets des animaux et de la combustion des carburants. L'île de Djerba constitue un lieu stratégique dans le golfe de Gabès, marquée par une importante richesse phytoplanctonique (kystes de dinoflagellés). L'étude des variations spatio-temporelles du phytoplancton montre la relation étroite qui existe entre les structures hydrographiques (à partir des conditions de mélange à la stratification complète) au niveau du golfe de Gabès. En ce qui concerne le zooplancton, le candidat a montré que les copépodes sont les plus abondants et représentent entre 69 et 83 % du zooplancton total dans le golfe de Gabès. La densité des copépodes augmente graduellement avec l'augmentation de la température moyenne de l'eau, et ceci à partir de l'apparition de la thermocline (Mai-Juin 2006) jusqu'à son établissement complet caractérisant ainsi la période estivale (Juillet 2005 et Septembre 2006). Quand la colonne d'eau est bien mélangée (Mars 2007) on note une diminution de l'abondance des copépodes. Aussi, ces derniers sont caractérisés par la dominance des cyclopoïdes représentés par l'espèce Oithona nana. Contrairement au zooplancton dont la plus forte abondance est observée pendant la période de haute stratification, le phytoplancton prolifère intensivement pendant les conditions de semi-mélanges. En plus, les teneurs en chlorophylle a (phytoplancton), montrent une distribution inversement proportionnelle à celle des copépodes témoignant la relation trophique de broutage entre les copépodes et le phytoplancton.
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Université de Franche-Comté
/ 17-12-2007
Milleville Annabelle
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A partir des séries lacustres de Chalain/Clairvaux (Jura), Charavines Les Baigneurs (Isère) et Sutz-Lattrigen Riedstation (Suisse), la gestion de l'outillage lithique pondéreux est abordée, depuis l'approvisionnement en matière première jusqu'au rejet des outils. Le premier axe de recherche est chronologique et c est dans la Combe d Ain, en milieu calcaire, qu il trouve son meilleur terrain d application. Pour le matériel de mouture et de broyage, la gestion des matières premières est différente entre le Néolithique moyen et le Néolithique final, avec le choix de matériaux locaux d une part, majoritairement exogènes d autre part. Au Néolithique final, la gestion des matières premières diffère selon leur origine, une valeur plus importante est accordée aux matériaux siliceux, importés sur des distances de 50 km et plus ; l évolution la plus nette est celle de la réorientation des réseaux d approvisionnement, synchrone des changements culturels. Pour les polissoirs, les matières premières, majoritairement des grès fins, ne changent pas durant le Néolithique final, et certains gîtes sont déjà connus au Néolithique moyen ; la gestion des supports, à savoir une utilisation maximale des outils, est une constante entre 3200 et 2600 av. J.-C. à Chalain/Clairvaux. Le second axe de recherche est celui de la répartition spatiale des artefacts. Il semble que les moulins de type va-et-vient soient utilisés devant les habitations ou dans l aire du pas-de-porte, avec une possible évolution de la localisation de l activité de mouture, de l extérieur vers l intérieur de la maison, évolution symptomatique de la modification des fonctionnements sociaux au Néolithique final.
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