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Université de Franche-Comté
/ 25-10-2006
Barthod Sandrine
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En sous-bois, la capacité des juvéniles installés à diminuer les pertes de carbone par respiration et à augmenter l’interception du rayonnement lumineux constitue une composante à part entière de leur aptitude à tolérer l’ombrage. Il doit donc exister un compromis entre la diminution des pertes respiratoires, l’augmentation de l’activité photosynthétique et le maintien de la surface assimilatrice. En s’intéressant plus particulièrement à la modulation du coût associé au déploiement des surfaces assimilatrices (feuilles et différentes structures nécessaires à leur déploiement) nous avons caractérisé les traits biochimiques (coût de construction, composition) et morphologiques (surface spécifique, allocation de biomasse) qui expliquent les différences interspécifiques et la plasticité de ce coût. Ce travail a été réalisé in situ sur des juvéniles installés dans des conditions d’ombrage plus ou moins intense permettant de caractériser la variabilité interspécifique et la plasticité du coût de mise en place de la surface assimilatrice. Les espèces retenues étaient contrastées du point de vue de leur tempérament, de leur architecture et de leur morphologie foliaire: neuf espèces ont été choisies en forêt tempérée (Moselle) et trois en forêt tropicale (Guyane française). Le microclimat lumineux de chaque plant a été caractérisé par une photographie hémisphérique numérique. Le coût de construction de chaque organe a été déterminé à partir de sa teneur en carbone, et corroboré par sa chaleur de combustion (microcalorimétrie). Nous observons une grande variabilité interspécifique et une forte plasticité du coût associé au déploiement de la surface assimilatrice. Ces coûts ne reflètent pas le tempérament des espèces, en revanche, leur plasticité montre que les espèces les plus tolérantes sont les plus plastiques. Cette plasticité est plus due à des modifications morphologiques de la surface spécifique des feuilles qu’à des modifications de leur contenu biochimiques.
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Université de Franche-Comté
/ 01-12-2006
Zhiyanski Miglena
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Le césium 137 est un des principaux éléments qui contaminent les écosystèmes forestiers. Globalement les massifs montagneux sont pollués de manière plus importante en raison de retombées radioactives globales. Les transferts de césium 137 dans le système sol plante ont été étudiés dans 5 écosystèmes forestiers sur sol brunifié dans le massif de Rila (Bulgarie). Les sols sont riches en éléments nutritifs et présentent un pH acide. La distribution verticale du césium dépend du pH et du taux de matière organique humi ée (MOH). Les systèmes racinaires sont principalement développés en surface (horizon A1). La biomasse racinaire varie en fonction de l âge des peuplements. Dans les racines fines, la teneur en éléments est fortement influencée par la teneur en MOH du sol. L âge des peuplements influence la composition élémentaire des aiguilles. Le césium est accumulé dans les horizons de surface. Les sols étudiés présentent des taux de MOH élevés et une CEC élevée Ceci laisse supposer une adsorption non spécifique du césium et sa biodisponibilité. D après les estimations du facteur de transfert sol arbre (résineux), le classement des espèces par ordre de vulnérabilité à la contamination est : Picea abies (L ) Karst > Abies alba Mill. > Pinus sylvestris L En conclusion, la composition chimique des racines fines des résineux étudiés dépend de la teneur en MOH et des concentrations des différents éléments dans le sol. Les arbres ne sont pas significativement contaminés par les métaux lourds, mais les sols peuvent subir une acidification et le risque de contamination par le Cd, le Pb et le Zn n est pas négligeable.
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Université de Franche-Comté
/ 03-05-2010
Fritsch Clémentine
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Le transfert et les effets d'éléments traces métalliques (ETMs Cd Pb et Zn) dans les réseaux trophiques terrestres ont été étudiés sur 40 km pollués par l ancienne fonderie Metaleurop Nord (France). Des échantillonnages de sols, d escargots (Cepaea sp et Oxychilus draparnaudi) et de micromammifères (Apodemus sylvaticus Myodes glareolus, Crocidura russula Sorex araneus Sorex minutus) ont été menés. Les variables expliquant la distribution spatiale des ETMs des sols varient entre concentrations totales et extractibles (CaCl2) et agissent à différentes échelles spatiales. Des méthodes géostatistiques (krigeage) ont permis de cartographier les teneurs en ETMs des sols et d établir une évaluation du risque environnemental (ERE) spatialisée. La contamination des animaux augmente avec les concentrations totales en ETMs des sols, est influencée par le paysage et montre des différences inter- annuelles et inter-saisonnières. Trois patrons de relations entre bioaccumulation et concentrations internes en métallothionéines ont été identifiés chez les micromammifères. Des facteurs physiologiques et ecologiques modulent la bioaccumulation et les réponses au stress induit. Chez les escargots Cantareus aspersus et Cepaea nemoralis, il n y a pas d adaptation à la pollution métallique mise en évidence concernant la bioaocumulation mais acclimatation et adaptation semblent exister pour les caractéristiques de la coquille. Pour l ERE et la biosurveillance nos travaux soulignent la nécessité des suivis à long terme et du développement d une écotoxicologie du paysage dans le cadre d approches systémiques (analyses multicritères à travers des changements de niveaux de perception).
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Université de Franche-Comté
/ 28-06-2007
Viellet Amandine
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Les villages littoraux de Chalain et de Clairvaux représentent une chronologie de près d un millénaire et demi, depuis le néolithique Moyen Bourguignon (vers 4000 av. J.-C) jusqu au néolithique final (vers 2600 av. J.-C.). L excellente conservation des bois, en milieu humide et anaérobie, a permis la datation dendrochronologique directe de plus de 1 100 pièces d architecture de chêne ou de frêne. L objectif principal de ce travail est de présenter les limites et les potentialités de la méthode dendrochronologique pour montrer la vitesse évolutive des outillages, des techniques et des successions culturelles, parfois dans des laps de temps inférieurs à une génération. Afin d évaluer au mieux les limites de la méthode nous avons, dans un premier temps, réalisé un test sur un lot restreint de chênes et de frênes du village néolithique de Chalain 19, avant d étudier tous les bois de cet habitat. Les résultats obtenus ont ensuite été intégrés à une nouvelle synthèse dendrochronologique prenant en compte la totalité des bois datés sur l ensemble des villages des deux bassins lacustres de Chalain et de Clairvaux. Les courbes de croissance utilisées pour la synchronisation et la datation, offre aussi des informations écologiques essentielles que nous avons tenté d exploiter. Utilisée conjointement à l archéologie, la dendrochronologie reste un outil privilégié pour appréhender l écoulement du temps et l impact de l homme sur l’environnement.
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Université de Franche-Comté
/ 18-06-2010
Gbaguidi-Haore Houssein
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Les années 2000 ont vu émerger des souches particulières de bactéries multi-résistantes (BMR) dans le cadre hospitalier, en France et dans le reste du monde. Ces BMR qui pour certaines sont en passe d’échapper à l’arsenal d’antibiotiques disponibles font craindre un retour à l’ère pré-antibiotique. L’objectif de cette thèse était de caractériser ces phénomènes émergents à l’échelle d’un hôpital universitaire régional ou de l’inter-région Est. Nous avons montré que le profil de résistance aux antibiotiques constitue un outil utile et pertinent pour la détection de souches de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) productrices de toxines PVL (leucocidine de Panton-Valentin) ou TSST-1 (toxine-1 du syndrome de choc toxique). De plus, des approches écologiques temporelles nous ont permis de démontrer l’efficacité de mesures d’hygiène (précautions complémentaires, utilisation de produits hydro-alcooliques…) dans le contrôle de la diffusion d’Acinetobacter baumannii et de SARM au sein du CHU de Besançon. Une approche multiniveau nous a permis d’apporter un éclairage nouveau sur la part relative des caractéristiques individuelles des patients, identifiée comme prépondérante par rapport au contexte (écologie) dans l’hétérogénéité de la prévalence des infections à Pseudomonas aeruginosa dans les hôpitaux de l’Est de la France. En outre, l’épidémiologie moléculaire de P. aeruginosa multi-résistant au CHU de Besançon révélait que les souches multi-résistantes de cette bactérie semblent émerger parmi des souches moins résistantes qui elles sont endémiques et diffusent largement par transmission croisée. Par ailleurs, la même approche montrait que l’émergence d’Escherichia coli producteur de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) au niveau de l’inter-région Est impliquait un clone majeur, le clone intercontinental O25 : H4-ST131 qui représentait environ 30% des souches de cette BMR, appartenait au groupe phylogénétique B2 et présentait une BLSE de type CTX-M-15 principalement. Finalement, l’étude de ces phénomènes émergents parmi les BMR montre que le contrôle de la multi-résistance bactérienne représente un défi d’aujourd’hui et de demain.
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Université de Franche-Comté
/ 09-12-2009
Besson Benoit
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Le projet Sensibilité radioécologique de l'institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN) a pour but de caractériser et hiérarchiser les paramètres qui ont un effet significatif sur le transfert des contaminants radioactifs dans l environnement. L'objectif de ce travail de thèse, focalise sur les zones de prairies permanentes, est d'analyser les variations des activités de cieux radionucléides artificiels dans la chaîne ailant du sol aux produits fromagers et de hiérarchiser les paramètres écologiques anthropiques qui déterminent la sensibilité des zones étudiées. Cette étude est réalisée grâce à des prélèvements in situ dans 15 exploitations situées dans trois régions (Charente, Puy-de-Dôme et Jura). Les cartographies des sols des parcelles pâturées sont effectuées afin de choisir les sites de prélèvement les plus représentatifs. Des données géographiques, pédologiques, floristiques et relatives aux principales pratiques agricoles et fromagères sont alors acquises, en complément des mesures radiologiques.[ ] Une méthode non-linéaire basée sur la discrétisation du coefficient de transfert puis par des tests de comparaison multiple permet de hiérarchiser tes facteurs de sensibilité du sol à la végétation prairiale. Il apparait que 20 facteurs interviennent dans le transfert à la végétation, comme le taux d'argile des sols ainsi qu'un marqueur des particules de sol adhérées sur la végétation. Les transferts de 137Cs dans le lait sont dépendants du taux d'argile présent dans l échantillon de végétation et la nourriture du bétail.
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Université de Franche-Comté
/ 03-06-2008
Bündgen Sidonie
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Le Forez est une entité historique et géographique située à l extrémité orientale du Massif central et qui correspond globalement au département de la Loire. Il est formé d une plaine traversée du sud au nord par un fleuve et d une moyenne montagne. Les relations entre les hommes et ces différents secteurs géographiques ont été abordées sur la très longue durée par une approche multiscalaire du territoire. La carte archéologique du département a été complétée par les données récentes issues de l archéologie préventive ainsi que par celles relatives aux périodes délaissées jusque là (la Préhistoire et une partie de la Protohistoire). Pour les plus petites fenêtres d étude, un échantillon territorial, un transect et un secteur privilégié, la recherche bibliographique a été renforcée par des prospections pédestres. Ces travaux, complétés par l analyse de l abondant mobilier lithique et céramique qu ils ont fourni, permettent de proposer une histoire du peuplement ligérien. Ils fournissent aussi une image de la gestion du territoire au fil des siècles et des influences culturelles qu ont reçues les populations foréziennes. Deux faits principaux ressortent de cette étude. Le premier est le rôle primordial qu a joué le fleuve dans toute implantation humaine. Ce n est que lors des phases les plus intensives du peuplement que l habitat s écarte des rives du fleuve pour gagner le piémont et l étage collinéen de la moyenne montagne. Le second montre les contacts privilégiés que le Forez a toujours entretenu avec les régions se trouvant au nord-est de son territoire. C est le cours du fleuve qui a servi de fil directeur pour l implantation humaine durant plus de 400 siècles.
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Université de Franche-Comté
/ 28-11-2008
Thivet Matthieu
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L’agglomération de Mandeure-Mathay (Epomanduodurum) constitue la seconde ville de Séquanie, derrière la capitale de cité Besançon-Vesontio, par sa taille, son équipement urbain, sa panoplie monumentale et ses fonctions. Elle st implémentée dans la vallée du Doubs, au débouché de la plaine d’Alsace (« Porte de Bourgogne », dans une zone de passage entre les Vosges et le Jura permettant notamment la communication entre le sillon rhodanien et la plaine du Rhin. Les premières recherches « organisées » sur le site remontent à la fin du XVIIIe siècle, mais c’est au début du XIXe siècle que les édifices majeurs tels que le théâtre (1820) et le sanctuaire (1880) de l’agglomération antique furent découverts. La démarche prospective, initiée à partir de 2003 par ce travail de doctorat, visait à rassembler dans le SIG ArcGIS d’ESRIc, l’ensemble des informations spatialisées fournies par les sources documentaires.
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Université de Franche-Comté
/ 15-12-2006
Cartannaz Charles
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Le Massif de Guéret, localisé dans la partie NW du Massif Central français, est composé du complexe magmatique de Guéret qui peut être subdivisé en plus d’une vingtaine de massifs granitoïdes dont les mises en place s’étalent sur plus de 30 Ma (360-330 Ma). La genèse des premières venues en forme laccolithique trouve son origine dans un contexte d’effondrement de la chaîne Varisque, responsable du magmatisme calco-alcalin dû à la fusion du manteau lithosphérique. Avec un retard de 10 à 20 Ma, l’apport de chaleur de ces magmas mantelliques provoque la fusion de la croûte inférieure responsable des granitoïdes peralumineux du complexe magmatique de Guéret. Les prémices de cette tectonique en extension sont déjà enregistrés à 375 Ma lors de la mise en place des anatexites grenues à cordiérites (aubussonites) qui se comportent comme un magma qui s’est déplacé. Ce contexte extensif est contemporain des grands cisaillements dextres, orientés N110/120, dont les déplacements majeurs sont réalisés avant 355 Ma lors de la mise en place des venues non déformées du complexe magmatique de Guéret. Après 355 Ma, les intrusions peralumineuses de ce complexe enregistrent un contexte en raccourcissement NS. Les déplacements dextres horizontaux s’effectuent alors le long de failles orientées N150/160 qui recoupent les failles N110/120. Les intrusions syntectoniques de la chaîne de la Marche et du nord Millevaches enregistrent principalement une déformation coaxiale. Le Sillon Houiller N20 joue probablement avec un jeu conjugué senestre par rapport aux failles dextres N150/160 du Système Faillé de la Creuse. Enfin, un climat tectonique avec un champ de déformation superposée (extension syn- convergent) permet de rendre compte des régimes de déformation décrochant et normal enregistrés par les magmas syntectoniques mis en place entre 340 et 335 Ma.
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Université de Franche-Comté
/ 02-09-2009
Maillard Stéphane
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L'échinococcose kystique est une zoonose helminthique qui demeure encore à l'heure actuelle, un véritable problème de santé sanitaire et socioéconomique pour de nombreuses régions pastorales dans le monde. Son agent étiologique, le cestode Echinococcus granulosus sensu lato, est présent sur tous les continents et implique de nombreuses espèces animales dans son cycle biologique. Ce parasite présente une forte hétérogénéité, notamment génétique, si bien que plusieurs souches ont progressivement été définies. Toutefois, depuis quelques années, les études menées sur ces souches ont montré la nécessité de réviser la taxonomie du groupe E. granulosus sensu lato. Lutter contre l'échinococcose kystique requiert de connaître au mieux les variants de ce groupe, leur statut, leurs hôtes, leurs modes de circulation et de transmission à l'homme. Le principal objectif de ce travail de recherche était donc de définir une approche permettant à la fois d'identifier des variants que nous pourrions suivre à différentes échelles géographiques et discuter la taxonomie du parasite. Nous avons commencé par l'évaluation de différents outils de typage actuellement disponibles, grâce à l'étude de deux foyers fortement endémiques. Bien qu'elle nous ait donné la possibilité de discuter le statut taxonomique des souches identifiées, cette évaluation montra l'insuffisance du polymorphisme des marqueurs mitochondriaux et nucléaires communément utilisés. Par conséquent, nous nous sommes intéressés à des marqueurs potentiellement plus variables, les microsatellites. Parmi ceux testés, le microsatellite multilocus EmsB identifia un grand nombre de variants, différents modes de circulation mais aussi, des échanges génétiques. Combinés avec les marqueurs de référence, EmsB peut donc s'avérer très utile pour l'étude du développement spatial et temporel des variants E. granulosus sensu lato et de leur taxonomie. Elaborer une carte de distribution détaillée et une nomenclature pertinente de ces variants permettraient d'améliorer le ciblage des campagnes de lutte contre l'échinococcose kystique.
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